专项事业编制与正式编制区别有一下几点:
1、使用范围不同：专项编制，顾名思义，是专门给单位专项使用的，其他事业单位人员不能使用，教育主管部门的事业单位也不能用。
除专项编制外，其他事业单位的事业编制，都是通用的，没有单位的区别，只不过有收入的事业单位，有的会使用差额事业编制，这又是另一种事业编制分类方式。
2、编制使用基数不同：事业编制是固定的，由省级机构编制部门分配后，是一个基本固定的数额。事业编制可以在同地区不同事业单位之间调剂增加，但某一地区的事业单位总数，基本上是固定的，只减不增。但专项编制就不一样，除在区域内之间调剂增减外，重新核算，如果有增减变化的，由省级编制部门在全省范围根据份额核定。
3、编制管理机构不同：行政编制和事业编制，都是由当地党委所属的机构编制委员会办公室管理，并由其根据单位职能变化、岗位人员变化，调剂使用。专项编制是由当地主管部门负责，根据实际需要分配，只需要报请当地编办报备即可。这一编制管理模式，目前只是在部分地区实施。
使用对象不同。教育专项编制仅限于中小学教职工使用，确切地说是义务阶段教师使用，幼教老师、高职高中、大中专院校，包括教育部门的二层事业机构比如电教所、考试中心、中小学义务教育实验基地等事业人员均不能使用。
而普通事业编制属于通用编制，不论是管理、专技还是工勤岗位，均使用事业编制，区别在于供养方式是全额拨款、差额拨款还是自收自支
