iPhone 6s还原所有设置不能把系统还原成初始系统。还原设置只能清除手机上的所有内容，把所有手机设置恢复到出厂时的状态。
一、刷机恢复到之前的系统操作步骤：1、先把 iPhone 与电脑连接起来，打开 iTunes 软件。
2、让 iPhone 进入恢复模式：a、随后再按电源键开机，屏幕会出现苹果标志，不要松开电源键；b、接着再按住主屏 Home 键，直到屏幕黑屏；c、当屏幕黑屏时，请松开电源键，继续按住主屏 Home 键不要松开，直到电脑端的 iTunes 出现检测到一个处于恢复模式的 iPhone。
3、随后请在 iTunes 窗口中先按下电脑键盘上的 Shfit键（Widows系统）不放或 Alt键（Mac系统），然后再点击“恢复 iPhone”按钮。
4、接下来选择在网上下载的 iOS 固件文件（下载你想恢复的系统版本固件即可）。
5、点击“恢复”按钮继续。等待提示完成。
二、iPhone 6s恢复出厂设置的操作步骤：
1、首先请打开 iPhone 上的“设置”。
2、在设置列表中，请找到“通用”一栏，点击进入。
3、接下来在通用列表中，找到位于底部的“还原”一栏 。
4、对于 iPhone6S 上搭配的 iOS9 系统，可以在设置列表的顶部直接输入“还原”关键字，然后再点击“还原”一栏可以直接达到。
5、随后在还原列表中，可以看到有很多还原功能，如果想要彻底恢复到出厂设置的话，请点击【抹掉所有内容与设置】选项。值得注意的是，当执行此操作以后，iPhone 上所有的数据都将会被删除，比如通讯录、照片、音频视频等一切数据，所以操作需谨慎。
6、如果当前设置了锁屏密码的话，为了安全考虑，此时需要输入密码才可以继续。
7、个人的 iPhone 除了设置有锁屏密码，同时还打开了访问限制功能，此时还需要输入它的密码。
8、接下来再点击底部的【抹掉 iPhone】按钮，便可以开始恢复出厂设置了。
9、随后在屏幕上会显示恢复出厂设备的进度条，当恢复成功以后会重新启动进入 iPhone6S 的激活状态。
注意事项：如果 iPhone 上有重要数据的话，在恢复出厂设置以前，请先做好备份。
