金鱼的品系大体可分为草种、文种、龙种、蛋种和龙背种五大类。
草种金鱼：又称金鲫种。它是金鱼的祖先，外观体形似鲫鱼，身体扁平纺锤形，背鳍正常，尾鳍单一。特征：体形近似鲫鱼，具背鳍，尾鳍叉形，单叶。草金鱼的尾鳍有长尾和短尾之分，短尾者一般称草金鱼；长尾者称长尾草金鱼或称燕尾(国有些品种的尾鳍和家燕的尾羽相似，因此得名)。英、美等地称“彗星”。发现金鲫鱼最早的时间，约在晋朝(265年一420年)。
文种金鱼：一般身体较短，各鳍较长，又背鳍，尾鳍分叉为四；眼球平直不突出。名贵品种有鹤顶红、珍珠等。特征：有背鳍；尾鳍双叶；身体有短宽形或长形(似鲫鱼)。 较早记载双尾金鱼的史料是陈善(1579年)，《万历杭州府志》“……又取虾与鱼感则鱼尾酷类于虾。有三尾者，五尾者，此皆近时好事者所为，弘正间盖无之，亦足觇世变矣。”按照这条史料，明朝在弘治和正德时(公元1488—1521年)还没有双尾金鱼，所以双尾金鱼是在公元1521年后，到1579年前培育出来的。双臀、长鳍的出现比较迟些。《万历杭州府志》作者陈善，对杂交还有一些误解，认为鱼、虾杂交后，才产生了像虾尾似的双尾金鱼。
龙种金鱼：外形与文种相似，不同处为眼球凸出于眼眶外。自古以来视龙种为金鱼正宗。
龙种金鱼有50多个品种，名贵品种有风尾龙睛、黑龙睛、喜鹊龙睛、玛瑙眼、葡萄眼、灯泡眼等。 特征是：体形粗短，头平而宽，各鳍发达；眼球形状各异，有圆球形、梨形、圆筒形及葡萄形，膨大突出眼眶之外，鳞圆而大；臀鳍和尾鳍都成双而伸长，尾鳍四叶，胸鳍呈三角形，背鳍高耸。
蛋种金鱼：外形与鲫鱼有较大差异。体短而肥，眼球不凸出，背部平直无背鳍。名贵品种有红蛋、绒球蛋、凤蛋、水泡眼、兰寿等。特征：无背鳍，体形缩短，圆似鸭蛋。尾鳍有长尾和短尾两种类型，短尾者称“蛋”，长尾者称“丹凤”，其它各鳍均短小。高品质的蛋种金鱼，背部圆滑，呈弧形，最高点在背脊的中央。
龙背种金鱼：外形与蛋种相似，不同处为眼球凸出于眼眶外。名贵品种有朝天龙、龙背、龙背灯泡眼、虎头龙背灯泡眼、蛤蟆头等。 特征： 龙背种分七型，尾短为龙背型，头顶具肉瘤为虎头龙背型，鼻膜发达形成双绒球为龙背球型，头呈三角形为蛤蟆头型，眼向上生长为朝天龙型，鳃盖翻转生长为龙背翻鳃型，角膜凸出为龙背灯泡眼型。
