一、管理归属不同
1、教育部直属院校:通常归属于中华人民共和国教育部直属管理。
2、普通院校:由国家部委、省级人民政府(含新疆生产建设兵团)、省(市、区)教育行政部门主管或联合主管。
二、目的不同
1、教育部直属院校:目的是在探索改革上先走一步,在提高教学、科研和社会服务等方面发挥示范作用。
2、普通院校:目的是为了实行科教兴国战略。
三、特点不同
1、教育部直属院校:经过全国高校管理体制的调整,一批实力较强、学科特色鲜明的高校均划归教育部直属管理,建国以来国家历次所确定的全国重点大学多为教育部直属高校。
2、普通院校:普通高等教育单位按照主管部门性质的不同,可分为党政群系统(含国家部委署办、省级人民政府及省市自治区教育行政部门)主管的高校、军事系统院校和具备研究生招生教育资格的科研院所等3大类。