大结局是三十集不是四十六集。
在诸多人证物证面前,玉帝下旨,下令查处睚眦一伙的罪行,狴犴上殿与东海龙王相认,并表示以后愿追随妈祖,不愿再会龙宫.睚眦,蚌妃等人获罪,被押往斩龙台和斩妖台,珍王妃被打入冷宫.此时,吴宗伦率众与敌决战,将敌兵逼退至顺风岛上,敌兵调来炮火增援,使宋军受挫.吴宗伦战死疆场,妈祖出现,大义凛然,劝退敌兵,我军顺利收复失地.吴宗伦被敕封为抗敌英雄,妈祖则被封为护国夫人.
46集结局:睚眦获得消息,乘龙王不在时,调集重兵进行袭击,默娘立即飞到海面救险,半路遇上晏公祸害渔民,默娘打败晏公。对方却死死拖住她不放,并告诉她,如果救人,会有凶险。默娘哪里会信,将晏公打倒在地,毅然赶赴出事海面。
经过一番苦斗,默娘救下官船,但在海滩上又遭遇睚眦及其爪牙的围攻,终因寡不敌众,默娘倒在沙滩上。
待菩萨和大仙赶到时,她已没了呼吸…… 菩萨和大仙封住默娘的魂魄,然后由大仙去玉帝面前为她申请海神封号,却遭到四海龙王联手反对。
默娘的死讯传来,惊动了四面八方信众,纷纷出资为她建庙,香火直冲九天,感动玉皇大帝和王母娘娘,终于同意加封默娘为海神,封号妈祖!