鱼缸上的过滤系统一般都有滤槽，大部分滤槽里放的都是滤棉。滤棉需要经常清洗，否则会污染水质。可是如果经常清洗滤棉就把连硝化菌一起破坏洗掉，更好的做法是滤槽里不直接放滤棉，而是铺上一层瓷环和麦饭石，不要过多，以不影响水流为佳。
可以在出水口套上丝袜，过滤杂质，丝袜需要每天都保持清洗或者是更换。
还可以再要给鱼缸加一个外滤筒，同样滤筒的出水管也要套上丝袜，固定在滤槽里。套上丝袜的原因，一方面可以滤掉脏东西，另一方面也可以有非常好的降噪作用。
鱼缸里还可以放点沉木，但不要棱角多的要圆滑一点的，避免伤害到里面的鱼。
在鱼缸底部对着进水口的位置安装造浪泵， 以方便快速将鱼便吹到进水口抽走，清洁鱼缸。
要坚持每天给鱼缸换两桶水，保持住良好的水质，才会更利于鱼的生存生长
方法如下：由潜水泵把水从缸中抽上缸顶的"盒"，"盒"内放置滤材 ，"盒"的底部有出水口让水自然流回缸中。
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滴漏箱中放滤材让水流经过进行过滤，滴漏箱底放潜水泵将水抽回缸中 。然后由底缸中的泵抽水回主缸，这个设计简单而高效，主缸的水面高度保持不变，当水面低过滤槽，就不会有水溢入滤槽了，又可以盖上浴缸盖子。
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过滤器由过滤槽、抽水泵和过滤材料组成。它的工作原理是通过抽水泵将水族箱内的水抽吸到过滤槽中，由过滤槽内的过滤材料进行过滤，过滤材料将水中的有害物质或杂质留在过滤槽内，经过过滤的水再回到水族箱中
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这是最简单的机械过滤过程，然而，要保持水族箱内的水质能长久地维持在最初状态，只靠机械过滤是不够的。
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过滤系统作用主要是三个：物理过滤，滤材为过滤棉(粗/细)。利用滤棉中的纤维把水中的不溶性杂质、废物阻隔下来。
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物理过滤是过滤系统中必不可少的一个部分。滤棉常洗常换，能有效减少缸中有机物的含量，进而减少硝化系统的负担，再进而减少最终矿物质废物的产出。忽视物理过滤的过滤配置方案，不客气的说，是把鱼缸当成化粪池了
