1.依据患病机理诊断。石斑鱼发病是病原体、鱼体和养殖环境共同作用的结果，每一个环节正常就不会发病，只有三者的结合才会有病害的发生。病原体是导致鱼病发生的先决条件，鱼体自身特性及免疫力是避免发病的基础，养殖水环境是防病治病的关键。诊断分析鱼病发生的原因要将上述三个因素综合起来思考，有助于在发生鱼病时找到准确病因及解决问题的关键切入点，也有助于为防止疾病发生提供正确思路。
2.依据季节变化诊断。不同的病虫害有不同的流行季节与适宜发生的气候条件，可依据季节变化诊断。如溃疡病多见于季节交换期，指环虫流行于春末和秋初，海盘虫病流行季节为夏秋，贝尼登虫病秋冬季节易感染，类结节病常发于水温超过20℃且降雨较多的梅雨期，烧尾病则只见于夏季等。
3.依据养殖阶段诊断。病毒性神经坏死病主要发生于鱼苗鱼种培育期（鱼苗培育至1~2厘米时发病），车轮虫主要危害幼鱼和苗种，人工繁育的苗种较少发生微孢子虫病，脊柱弯曲综合症多见于苗种阶段，在单纯投喂卤虫无节幼体时易多发“受激猝死病”。
4.依据水环境诊断。鱼病的发生与水环境因子的变化密切相关。如水源中的污染源、养殖水体的理化因子（氨氮、亚硝酸、pH值、溶解氧、盐度、水温等）、底质老化等变化，都有可能引起石斑鱼的不良反应、降低免疫力、影响摄食、活动异常、中毒、诱发病害或死亡。
5.依据死亡情况诊断。网箱、池塘或水泥池中石斑鱼疾病发生后，一方面可从死亡的缓急来判断，如急性型死亡表现为症状不明显或死亡量大，病情来得急或突然，可能由于池水理化因子突变或严重恶化、水源污染、赤潮生物大量繁殖、病毒性疾病传染暴发、摄食变质或含有害因子的饵（饲）料等因素；慢性型死亡主要由细菌性疾病、寄生虫性疾病或营养不良引起的，可通过体表、内脏病变特征以及镜检体表黏液和鳃丝来诊断。另一方面，从发病网箱或鱼池鱼的死亡量大小来判断。细菌性疾病与寄生虫性疾病造成鱼死亡量不大，而病毒性疾病、缺氧、冻伤、中毒往往造成鱼大规模死亡。
6.依据病鱼体色变化及游动状态诊断。石斑鱼的品种繁多，体色各异，但是如果发现鱼体色暗淡无光，或变色，发白、发黑、充血出血，就是病症。健康的鱼一般是成群集游，行动灵活，反应敏捷，受惊即潜。病鱼则通常离群独游，行动呆滞，浮于水面或靠边角独处，反应迟钝或没有反应，或受惊后略向水底下潜，后缓慢浮出水面。如果鱼体表、鳃分泌黏液增多，体色变深，还会使鱼在水中表现出焦躁不安、打转、磨擦网箱或池壁池底，有时会表现为急剧狂游等，可能是寄生虫寄生鱼体。
7.依据鱼的摄食情况诊断。健康鱼摄食时，抢食能力强，摄食时间短，食量也相对稳定。若鱼的摄食量突然减少，甚至不摄食，就要从气候变化、水质理化指标（溶解氧、pH值、盐度、氨氮、亚硝酸、水温等）、饵（饲）料、水源、病虫害等方面迅速筛选排查找出原因。
8.依据人为因素诊断。网箱、池塘或水泥池中石斑鱼发病，常与饲养管理有关，如放养品种、放养密度、喂养方式、投喂发霉变质饵（饲）料、投饵过少或过多、长期水质不清洁、不换水、盲目用药、增氧设备故障以及操作不慎致鱼体损伤，都可致石斑鱼发病。
9.依据病鱼的外观症状诊断。鱼的病灶特征是诊断鱼病的主要依据。首先采用目检的方法观察病鱼的部位，顺序为体表、鳃部、内脏。体表按顺序仔细检查病鱼的头部、嘴、眼、鳃盖、鳞片、鳍条等，对肉眼看不到的病原体，须根据症状判断。鳃部重点检查鳃丝，应注意鳃盖是否张开、鳃盖表皮有无溃烂或透明现象，再观察鳃片的颜色是否正常，黏液多或少，随后仔细观察鳃丝末端是否肿胀或出现溃烂变白现象。解剖鱼体重点检查肝脏、肠道，观察肝脏是否病变，有无出血点；观察肠道内有无食物，是否充血发炎；观察脾脏、肾脏、鳔等器官有无病变。如鱼患烂尾烂嘴病时，病鱼尾鳍缺损，吻部溃烂；寄生瓣体虫时，体表出现形状不规则的白斑；患细菌性肠炎病时，肛门红肿或外突，用手轻按腹部，有浓状液体流出等。
10.依据镜检情况诊断。病鱼（特别是寄生虫性疾病）通过肉眼观察往往还不够，需结合显微镜下观察虫体方可确诊。镜检时，从鳃组织、体表组织或体表黏液等病变部位取少量组织或黏液置于载玻片上，用滴管加一滴普通清水；若是内脏组织，用0.85%的生理盐水，然后盖上盖玻片，稍用力压平后，置于显微镜下观察，结合各种寄生虫的外形特征观察确诊。发病初期，病鱼外表病害特征往往还不是很明显，因而选择镜检的病鱼也很关键，不然会因选择健康尚未发病的石斑鱼进行镜检而造成误诊。镜检发病初期的病鱼，要选择体色异常、游动乏力、旋游狂窜、烦躁不安、失去平衡、呼吸困难、鱼体消瘦、不摄食、鳃或体表黏液分泌增多、离群静止于水底等特征的鱼。
