1、生长方向不同。
石钟乳和石笋是一样的形成过程，只不过一个从上往下，一个从下往上生长。石钟乳是水溶液顺岩石而下，直到抵达边缘。如果岩石在洞穴顶部，水将滴下。当溶液和空气接触，产生逆向的化学反应，碳酸钙被沉淀出来。
而石笋则是石钟乳下部的水滴到洞底，碳酸钙沉淀则形成竹笋状的突起。
2、生长速度不同。
石钟乳是经过漫长历史的矿物质沉积才形成的碳酸钙沉淀物，石钟乳的形成过程至少需要上万年的时间，石钟乳和石笋是一样的形成过程，石钟乳每年平均增长率为0.13毫米。快速增长的石钟乳的水溶液中往往富含碳酸钙和二氧化碳，并且流动很快，这种石钟乳每年可以增长3毫米。而石笋因为是石钟乳下部的水滴形成的，所以增长速度就更慢了。
3、存在位置不同。
石钟乳和石笋都是存在于碳酸盐岩地区洞穴内，但因为生长方向不同，决定了石钟乳是存在于洞穴顶部的岩石上的，观赏时需要抬头看；而石笋是位于洞穴地下的，是要低头才能看到的。
区别是石钟乳是自上而下的生长，石笋是自下而上的生长，石钟乳生长在洞顶，而石笋生长在洞底。石笋可以有不同的形状，水滴的流量、滴水的高度以及地面的状况均会影响石笋的形状。钟乳石的形成往往需要上万年或几十万年时间。由于形成时间漫长，钟乳石对远古地质考察有着重要的研究价值。
石笋和钟乳石区别 石钟乳石笋的区别
二者的形成是碳酸钙遇到溶有二氧化碳的水时，会反应生成溶解性较大的碳酸氢钙，溶有碳酸氢钙的水遇热或当压强突然变小时，溶解在水里的碳酸氢钙就会分解，重新生成碳酸钙沉积下来，同时放出二氧化碳。洞顶的水在慢慢向下渗漏时，水中的碳酸氢钙发生上述反应，有的沉积在洞顶，有的沉积在洞底，日久天长洞顶的形成石钟乳，洞底的形成石笋。或是另一种可能，石峰底座，由于地史时期地下水的长期溶蚀，河水的长期冲击，渐渐地形成了溶洞。溶洞继续被溶蚀扩大，而溶于水中的石灰岩溶液，从洞顶往下滴，甚至往下流，促进二氧化碳进一步扩散，同时溶液受蒸发作用，形成饱和，剩余的碳酸氢钙沉淀，就形成了石笋，石钟乳。
石笋是由于含碳酸的水不断点滴到一处，碳酸钙沉淀而形成的。可以有不同的形状，水滴的流量、滴水的高度以及地面的状况均会影响石笋的形状。除了特别干旱的年份，洞顶不再往下滴水外，石笋一般每年都会生长。随着季节的变化，洞顶滴下的水里面含的物质成分不同，这样一来，与树木形成的树轮一样，石笋也会形成自己的年轮，通过年轮还可以数出石笋的年龄
