1996年东北大学进入首批“211工程”重点建设行列，秦皇岛分校也随之进入211工程行列。
1998年，东北大学进入首批985工程大学行业，并划入教育部直属，秦皇岛分校也同步划入教育部直属。
2006年，秦皇岛分校开始承担“985工程”建设项目，并同步进入985工程全国重点大学。
2001年5月，东北大学科技园被首批认定为“东北大学国家大学科技园”。
2002年，在全国一级学科评估中，自动控制学科名列第一，计算机应用学科名列第九。
2002年1月23日，教育部、辽宁省人民政府、沈阳市人民政府三方签订重点共建该校协议。
2002年10月25日，东北大学顺利通过教育部“十五”“211工程”建设可行性研究报告专家论证。
2006年，秦皇岛分校开始承担“985工程”建设项目，并同步进入“985工程”全国重点大学。
2009年6月，经国务院学位办正式批准，东北大学工商管理学院正式成为EMBA试办学院。
2012年4月，教育部、辽宁省人民政府、沈阳市人民政府续签继续重点共建东北大学协议。
2014年1月，东北大学已经拥有材料科学、工程学、化学、计算机科学等学科进入ESI（基本科学指标）全球排名前1%。
2017年9月，东北大学入选国家首批“双一流”（世界一流大学和一流学科）建设高校
东北大学是第一批入选985的高校，1998年
