第一部:使团惊魂(幽州,突厥吉利可汗)、蓝衫记(湖州案,亲爹为了一个青楼女子杀儿子,围绕越王的宝藏)、滴血雄鹰(权力之争,简小郎)
第二部:关河疑影(边关,儿子默啜太子要杀老子吉利可汗当可汗,如燕姑娘出现了)、蛇灵(这两个故事包括幽州案都是关于一个组织蛇灵想夺取天下为线索的)、血色江州(真假薛青麟的悲剧)
第三部:黑衣社(黑衣社,黑衣社逆党想要夺取凉州政权的阴谋)、漕渠魅影(黑恶势力抢夺官盐,争夺盐市,元芳失忆。。。)
第四部:金银奇案、杀人陷阱。
2017年播出的《神探狄仁杰之情花金人案》讲述了两个故事:《情花案》与《金人案》。