《唐人街探案3》主要讲了三个故事，一个室内杀人案，一个Q想拉秦风入伙，还有一个是父亲抛弃女儿的故事。
一、室内杀人案。
秦风等人接手一宗密室杀人案件，两个黑帮大哥相互争地盘，结果在密谈时，其中一个意外被害，另一个就当成凶手被抓。因为当时室内只有他们两人，众人推门进入一个是清醒的，另一个身中玻璃刀死亡。
从现场的各种推论中，独活的黑帮大哥都脱不了干系。但这个大哥誓死都说自己并未杀人，他喝下酒后就迷糊晕倒，醒来的时候对方已经躺在地上没了气。
老秦为了钱接下了任务，作为剧里的搞笑担当，智商是从不在线的。秦风等人在经历多方取证后，终于发现至关重要的人物小林杏奈，在找小林杏奈的过程中，又陷入另一个故事中。
二、Q组织想拉秦风入伙。
秦风在侦探界非常出名，名气仅次于Q，开始大家以为Q是一个人，最后才知道Q其实是一个组织。Q组织想拉秦风入伙，就给秦风设计了一个局让他钻。
Q组织知道秦风在找小林杏奈，就利用一名逃犯将小林杏奈掳走，并将逃犯的死嫁祸给了秦风。秦风入狱后那些同在侦探界的朋友赶来帮助秦风，秦风从新获得了自由。
三、父亲抛弃女儿。
重新获得自由秦风，在最后阶段终于找到密室杀人犯的真正凶手，就是小林杏奈。她之所以这样做是为母报仇，为那些曾经凌辱自己的人报复。
她将这一切都嫁祸给抛弃自己的父亲，但真相还是被秦风解开。当年父亲为了家族地位，抛弃了她们母子，母亲只能靠出卖肉体给小林杏奈换吃得。
父亲在获得家族地位后，并未找她们母子，小林杏奈凭借自己的报复心攀上如今的地位，她唯一的信念就是让父亲受到惩罚。
