阿飞正传主要剧情：
英俊不凡的旭仔阿飞（张国荣饰）是上海移民，他从未见过生母，自小由养母（潘迪华饰）养大，因此长大后他对生命中遇到的每一个女人都冷酷无情。放荡不羁的他先后与南华体育会售票员苏丽珍（张曼玉饰）和舞女咪咪（刘嘉玲饰）同居，但后来又相继抛弃了她们。
旭仔从养母处得知，自己原是混着西班牙和菲律宾贵族血统的私生子旭仔决要找到生母，为此他只身前往菲律宾，可是生母拒见，带着怨恨离开。旭仔在离开香港前，将车子给予歪仔（张学友饰）。咪咪发现旭仔走了，问歪仔知不知道他在那里，歪仔告诉她旭仔去了菲律宾，并将旭仔的车子卖掉，将钱给她去菲律宾找旭仔。
一直暗恋苏丽珍的警察超仔（刘德华饰）目睹了苏丽珍与旭仔的决裂，并在母亲死后，决定改行去跑船。超仔在菲律宾唐人街又遇上了旭仔，不过他假装自己不认识他。不久，旭仔因为买卖假护照而在一场殴斗中身负重伤，超仔问他记不记得某年4月16日下午3时他在做什么，旭仔说要记得的他永远记得，但是他叫超仔告诉苏丽珍他已经不记得了。最后他守着死在一列异国火车上的旭仔。在这同时，另一个阿飞（梁朝伟饰）精心打理自己准备出门，继续上演着无脚鸟的故事 。
结局：旭仔在车上被人打了以后，然后死了。梁朝伟出现，代表一个阿飞死了，另一个阿飞站起来了。
