《命运石之门0》是一部以时空穿越和科幻题材为主的游戏，以下是游戏的剧情简介：
故事发生在2010年，主角冈部伦太郎和他的朋友们是一群热衷于时空穿越研究的科学家。他们通过发送信息，成功地将时空穿越的技术研究了出来，但在实验中却发现了一个可怕的事实：如果他们穿越时空的次数过多，就会导致世界线的改变，从而使得他们自己消失。
为了探索时空穿越的奥秘，冈部伦太郎和他的朋友们不断地进行实验，却发现了一个更为惊人的事实：在某些世界线上，他们已经消失了。为了拯救自己和朋友们的命运，冈部伦太郎和他的团队开始了一场名为“命运石之门”的计划，试图通过穿越时空，找到一个可以拯救所有人的“命运石之门”。
在寻找“命运石之门”的过程中，冈部伦太郎和他的团队遇到了各种困难和挑战，其中包括被追杀、穿越到错误的世界线等等。但他们通过时空跳跃和团队合作的方式，逐渐接近了目标。最终，他们发现了一个名为“箱庭疗法”的治疗技术，这个技术可以让他们回到过去的某个时间点，重新开始一段新的时空旅程。
在游戏的过程中，玩家需要不断地进行时空跳跃和推理，寻找拯救世界线的线索。游戏的故事情节扣人心弦，时空穿越和科幻元素的结合也使得游戏更加引人入胜。
第一集起源与终结的序章.
冈伦(凤凰苑凶真)与真由理去广播馆参加中钵博士的论坛，碰到了牧濑红莉栖。牧濑红莉栖表示15分钟之前见过冈伦，但是冈伦根本不知道发生了什么。真由理弄丢了金属乌帕，冈伦帮他去找，却听到一声惨叫，进而目睹了红莉栖的死亡。岗伦手机收到信息，他打开的一瞬间，忽然跳跃到另一个时间线，广场上空无一人，抬头看到大厦屋顶上人造卫星跌落。随后冈伦回到研究所，与研究所2号成员真由理和3号成员阿至聊到要突破机关的破坏，电视上出现人造卫星跌落新闻。这时，通过对话，冈伦发现自己的记忆(参加了中钵博士的论坛)与阿至说的中钵博士的论坛中止没有举办出现偏差，但是他还没有意识到发生了什么。冈伦在研究室倒腾电话微波炉，将香蕉投入微波炉加热。冈伦与阿至对话，问阿至是否收到他发的红莉栖已死的信息，阿至表示是上周收到的，与冈伦的记忆不匹配，冈伦拿阿至的手机核实，邮件确实是他上周发给阿至的。冈伦问今天是多少号，阿至说是28号，冈伦突然意识到邮件发送到了过去。
第二集时间跳跃的妄想狂
冈伦和阿至碰到了活着的红莉栖，冈伦多次触碰之下发现红利栖确实是实体，并且活着。随后，冈伦与阿至参加了红莉栖关于时间机器的演讲，红莉栖断定时间机器做不出来，遭到了冈伦的反驳。冈伦离开后，到神社里见了真由理和琉华子，琉华子是一个外貌高瘦的美少女，很适合穿巫服，但实际是个男孩。冈伦回到研究所楼下，碰到了铃羽，铃羽准备到天王寺先生的店里打工。冈伦打开电脑，收到邮件，邮件说明时间机器被SERN组织独占，世界成为了被SERN 组织统治的反乌托邦社会，发件人自称来自未来，并说明自己是从 2036 年回到2000年的时间旅行者约翰提托。冈伦想找他之前在研究所搜集的约翰.提托的书籍，但是根本没有找到:他打电话问阿至书去哪里了，阿至表示根本不知道约翰提托这个人，冈伦碰到了桐生萌郁，桐生萌郁问他IBN5000的下落，冈伦去咖啡店问阿至。阿至表示IBN5000 是 30 年前出的电脑，价格昂贵，没有人找到。回到研究所，冈伦和阿至用一根香蕉放到电话微波炉实现，发现香萑在微波炉中不见了，原来是焦化的香蕉竟然回到了原来拜下香蕉的香蕉串上，跟好的香蕉连在一起。
第三集并列过程的妄想狂.
红莉栖来到了研究所，看到了焦化香蕉与好香蕉连在一起。为了了解香蕉和电话微波炉的缘由，红莉栖同意加入研究所成为4号成员，被冈伦取名为克里斯蒂娜，同时也被冈伦叫做助手。同时通过实验发现，电话微波炉跟手机联通起来使用，可以发送短信到5天前。阿至告诉冈伦，通过 LHC(大型强子加速器)可以生产微型黑洞，进行时间旅行，而 LHC 是 SERN 是欧洲核子研究机构的，冈伦回想起约翰.提托说的 SERN2034年发明时间机器，世界被 SERN 统治的事情，要求阿至入侵 SERN，找到时间机器的线索。冈伦与约翰.提托联系，了解IBN5000 与 SERN 的事，并问到约翰.提托是否回到过 2000年(十年前)，约翰提托说自己没有回到过2000 年，冈伦可能是遇到了另外时间线的自己，并约冈伦见面。阿至入侵 SERN成功，发现 SERN 已经成功研发出微型黑洞，并看到Z计划成功后人类死亡的信息。
第四集空理彷徨的会面
阿至进一步了解相关信息时，出现一些奇怪的代码，这时冈伦想起IBN5000 是电脑 BASIC 语言之前的电脑，因此有独特的电脑编程语言。这一集主要是冈伦与红莉栖一起寻找IBN5000 的下落，最后菲利斯瞄透漏小时候在神社看到过IBN5000,。硫化的爸爸说是10年前有人送给他的，让他供奉在神社，说最终会有一个年轻人会用到这个电脑，从而来神社找他。
第五集电荷冲突的会面
阿至通过IBN5000 解开了 SERN 的秘密文件，发现 SERN 秘密进行时空转移实验已经很多年，有14列人类回到过去实验(果冻人计划)，这些实验中的人类都已经死亡，且人都像香蕉一样焦化类似果冻了，但无论如何，确实实现了物体往过去的转移。
第六集蝶翼的分歧
为了赶在 SERN 组织之前研发出时间机器，冈伦带领研究所成员开始了电话微波炉及 Dmail(发给过去的邮件)实验。发现微波炉的1S 对应的是现实时间的1小时，微波炉设置为120S，因此邮件能发送回过去的五天前。。
第七集断层的分歧
通过阿至的改良，发回过去的邮件能发到特定人号码上。冈伦决定利用发挥过去的邮件改变历史，进行这样的实验。冈伦计划发送一个三等奖六合彩号码给过去，然而一瞬间过去，其他人还在讨论发送什么内容给过去好，与冈伦已经发送六合彩号码给过去，并且一起喝了饮料的记忆不符合。这时候硫化跑到研究所，给到冈伦一个六合彩票，并抱歉说买错号码，说是一周前冈伦让他买的。这个时候，冈伦意识到他发到过去的邮件已经生效，但是其他人都已经不记得此事，且发送邮件给过去的痕迹也不见了的事实。铃羽提醒冈伦找约翰提托，冈伦想起约翰的理论，意识到他改变了过去形成了新的世界线，新的世界线的人们的记忆覆盖了原世界线的记忆，或者说，新的世界线上不存在再向过去发送六合彩号码邮件这件事情。但是他不明白，为何新的世界线上，其他人都没有了之前世界线的记忆，但是他却还能记住此前世界线的事情。约翰提托告诉冈伦，移动世界线在2036年也没有能实现，更不用说存在能保留记忆观测世界线变动的人。约翰提托说冈伦或许是能够指引世界偏向 1%概率世界线的人。他希望冈伦能改变过去进而改变未来，也就是改变未来世界被 SERN 统治的反乌托邦式的社会，他希望冈伦能成为这样的救世主。
