三清山山体南北长12.2公里，东西宽6.3公里，平面呈荷叶形，由东南向西北倾斜。由于处在造山运动频繁而剧烈的地带，因此三清山断层密布，节理发育，山体不断抬升，又经长期风化侵蚀和重力的崩解作用，形成奇峰矗天，幽谷千刃的山岳绝景奇观。三清山东险、西奇、北秀、南绝，美在古朴自然，奇在形神兼备，仙灵众相，维妙维肖，邀游于清虚之境，出没于云雾之中，古为道家福地洞天。山上奇峰怪石不可胜数，云雾宝光叹为观止，珍树仙葩世所罕见，灵泉飞瀑与丹井玉液媲美，幽谷溶洞为腾蛟起凤卧虎藏龙之所。历代宫观建筑与雄险奇秀的自然景观融为一体，异彩纷呈，钟灵琉秀，故有“天下第一仙峰，世上无双福地”之誉。
三清山神奇壮丽的景观是与适宜的地质、气候分不开的，是地壳运动对地质作用长期变迁的产物。三清山在地质史上经历了14亿年的沧桑巨变，曾有三次大海侵和多次地质构造运动。
第一次大海浸发生于14亿年前的中元古界。那时三清山地区的地壳运动正处于“地槽”沉降阶段，海水浸没达4亿年之久，沉积数千米厚的双桥山群的复理式海相碎屑岩，并夹杂有海底火山喷发物。在“晋宁运动”后，才结束了地槽式沉降历史，地壳开始逐渐回返上升，出水为陆，三清山地区进入相对稳定的“地台”阶段。此后地壳仍有升降，只是沉降速度和缓，范围广阔。
在距今6亿年前的震旦末期，发生第二次大海浸，海水浸没达1.6亿年之久，一直延续到奥陶纪末期，沉积4000多米厚的浅海相砂页岩和碳酸盐岩类，并含有三叶虫、笔石和海绵等海相古生物化石。以上两次大海浸，曾使三清山本部变成一片汪洋大海。后经奥陶纪末期的“加里东第一幕”造山运动，三清山从此完全脱离海水环境，不再接受沉积。
在距今4.4亿年前的志留纪早期，虽发生第三次大海浸， 但海水仅到达三清山东南角的边缘部分。直到1.8亿年前，侏罗纪晚期与白垩纪，三清山区域内发生异常强烈的造山运动，即燕山期运动，并伴随有大规模的酸性岩浆浸入活动，从而奠定三清山构景的地质基础。
在距今二三千万年前的年代里，相继发生喜马拉雅期的造山运动，即新构造运动，山岳大幅抬升，伴随水力侵蚀作用的强烈下切，使地势高低差悬殊。由于三清山的地质环境正处于造山运动既频繁又剧烈的地段，所以断层密布，节理发育，尤其是垂向的断层和节理特别发育。山体不断抬升，长期风化侵蚀，加上重力崩解作用，形成了峰插云天，谷陷深渊的奇特地貌。三清山风景区的形成，可说是天工造物，大自然的杰作。
