琥珀的科学价值主要体现在对史前古生物学的研究，包括昆虫、植物和生存的气候环境等等。最早的昆虫化石发现于距今3亿多年的泥盆纪中期，但无论是泥盆纪还是古生代和中生代的陆相沉积中，我们所看到的昆虫化石都是在受到沉积物的压力和地球内部的温度后，它们的化石都是昆虫的几丁质外壳。这些生物往往被挤压的只剩下一层薄薄的膜痕，远不如琥珀中那些昆虫和植物保存得那么完好。通过对琥珀中昆虫化石的研究，能够了解生存于远古不同时期昆虫化石群落的面貌和当时的生存环境，研究昆虫群落的生活习性与不同的物种。其中哪些物种延续进化到现在，哪些物种早已灭绝，等等。
大家知道，DNA的发现与研究，为生命的遗传找到了金钥匙。而DNA在温带地区留下的古生物样本中只能保存几千年，在寒冷地区最多能保存10万年。由于琥珀给昆虫样本提供了一个疏水环境，这种环境大大减慢了DNA的降解。同时这种封闭，既保存了昆虫的水分，又使它们免受外界污染，这让科学家们成功地从在黎巴嫩发现的一块琥珀中提取了1.25亿年前生存的鞘翅目昆虫“象鼻虫”虫体的DNA。
科学家们甚至通过对琥珀气泡中的空气进行细微研究，发现当年地球上的氧气非常丰富，这解释了那时为什么会有恐龙等大型动物的生存。而现在，地球上的空气氧含量在过去的8000万年里，至少已经损失了三分之一。现代人类大量地消耗矿产燃料和被砍伐消失的森林面积，特别是热带雨林的毁坏和缩小，显然加速了氧气枯竭的过程。
