其一，三元指天、地、人，即天元、地元、人元。这是三元最普遍、流行最广的含义。这种含义与三才的含义相同。
其二，三元指天、地、水。《元气论》中说：
“夫混沌分后，由天地水三元之气，生成人伦，长养万物。”
其三，指人体中的三气，即紫素、白素、黄素。《黄庭内经》说：
“紫烟上下三素云。”
《云汲七签》注：
“三素者，紫素、白素、黄素也。长存三元妙气，上下在身，则形能通神。”
《黄庭经注解》：
“三素云乃肺、肝、脾三经之气也。脾为黄素中元君，肝为紫素左元君，肺为白素右元君。”
其四，指日、月、星。《黄庭内景经》说：
“上睹三元如连珠。”
注解为：
“三元，为三光之元，日月星也。”
这是三元中最为人熟知的含义，小学生基本都知道。因为《三字经》现在为小学读物，其中说：
“一而十，十而百。百而千，千而万。三才者，天地人。三光者，日月星。”
其五，指三丹田，即泥丸、绛官、精门。《云汲七签》说：
“人有三丹田，上元、中元、下元是也。上元丹田，脑也，亦名泥丸；中元丹田，心也，亦名洚官；下元丹田，气海也，亦名精门。三元之中，各有一神。”
其六，指上元、中元、下元三甲子。术数中以六十年为一甲子，以一百八十年为一周始。在一周始中有三个甲子，第一甲子为上元，第二甲子为中元，第三甲子为下元。
其七，指精、气、神三元。《性命圭旨》中说：
“精、气、神谓之三元。三元合一者，丹成也。”
其八，指化育天地万物的三气。《云汲七签》中说：
“三元者，一曰混洞太无元高上玉皇之气，二曰赤混太无元无上玉虚之气，三曰冥寂玄通元无上玉虚之气也。”
其九，指尧、舜、禹。道教也有把尧、舜、禹看作三元的情况，如南方有三元宫，三元店中供奉的即尧、舜、禹。
其十，指三官，即天官、地官、水官。道教以正月十五日为天官的生日，七月十五日为地官的生日，十月十五日为水官的生日，把这三个日子作为三元日，称这三个日子为三元节或三元斋。
三元为中国传统节日，分别是“上元（元宵节，农历正月十五日）”，“中元（中元节，农历七月十五日，俗称‘七月半’或‘鬼节’）”，“下元（农历十月十五日）”，分别指三组日排列之起点。是中国传统节日，上元节﹑中元节﹑下元节的合称。
三元节为农历正月十五、七月十五与十月十五，故“元”是农历十五的意思。
