1.水系紊乱、通航能力差。淮河不够长、不够宽、不够深，水量季节性分布显著，具有明显冬旱夏涝特征。其不能像长江黄河那样承担水运交通重任，很难容纳大型运输船只通行；
2.长期治理理念落后。长期以来，淮河治理都以蓄洪、滞洪、排洪、减灾为主，很少从发展角度考虑，至今淮河沿河仍无公路或铁路贯通，沿河城市发展滞后，相关部门各行其是，防洪、灌溉与航运之间，农业、工业与交通之间，未能统筹考虑；
3.发展理念落后，政策支持力度不足。淮河流域途经的豫东、皖北、苏北地区一直是我国典型的传统农区，加之淮河水患未能根除、基础设施薄弱、生态环境压力大、地少人多、产业发育程度不高等原因，小农意识强烈，“等靠要”思想严重。长期以来，由于豫东地区地理位置距离省会较远，又没有像样的工业，经济基础薄弱，发展前景长期不被看好，得不到省级政府政策支持；安徽长期重点开发合肥和芜湖、铜陵、马鞍山等沿江地区，皖北地区基本处于边缘地带；江苏长期注重宁镇扬及苏锡常等沿江城市经济发展，极少顾及苏北。
4.缺乏大城市带动作用，城镇化发展缓慢。纵观经济发展史及国际国内对大江大河流域治理的成功经验，无不是遵循人类依水而居、城市因水而兴的规律。淮河流域属于欠发达区域的一个重要原因就是淮河流域没有大城市，缺乏带动和辐射作用，整条淮河黯然无光。
1.自然条件不好
2.历史上就落后
3.改革开放后发展起步晚
