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OVA 1 柯南VS基德VS铁剑！宝刀争夺大作战！
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故事的主人公是《名侦探柯南》《魔术快斗》和《剑勇传说》里的三大主角同时登场，情节非常搞笑。 某天放学后，柯南和少年侦探团来到毛利侦探事务所，发现一名少女拿着基德的预告函来求助于小五郎，信上写着基德要偷取少女家的宝刀……前来偷取宝刀的基德和在少女家居住的少年——铁剑发生了争斗，到底宝刀会鹿死谁手？而柯南从一开始就觉得很奇怪，到底是什么地方奇怪呢？OVA 2 16名嫌疑犯 16个人被邀请到白鸟警官的别墅，后来发现了一瓶打碎的酒而展开的推理故事……其中里面穿插了新一和兰以前的一些美好回忆。 平次、和叶，高木、佐藤之间的恋情也有所提到，是部很温馨的OVA。OVA 3 柯南与平次与消失的少年 柯南和兰被平次邀请到大阪旅游，碰巧遇到了和步美、光彦、元太很相似的茧美、干彦、健太，他们委托平次帮他们找到他们失踪的朋友小智……于是柯南和平次依照线索层层推理，终于找到了绑架小智的凶手。最后他们四人用各自的绝招把凶手给制服了 片尾曲之后的剧情涉及到M 7《迷宫的十字路口》的预告。OVA 4 柯南与基德与水晶之母 怪盗基德再次登场！这次他的目标是英格拉姆帝国的宝物——水晶之母！快斗和青子也在火车里，快斗一直在思考水晶在哪里，好变身为基德去偷取，他是否会成功呢？ 柯南和兰这次又是被平次邀请到大阪，他又是否能抓到基德呢？而潜在的危机到底是怎样被化解的？ 该故事改编自《魔术快斗》漫画第4卷，与漫画不同的是，柯南等人物也将登场。OVA 5 目标是小五郎！少年侦探团的秘密调查 故事围绕着2005年公映剧场版《水平线上的阴谋》的第二主角展开。讲述作为学校教学的一环，少年侦探团成员到毛利侦探事务所参观、与毛利小五郎一同跟踪调查者、发现绑架案等一系列故事。
