1、芽孢杆菌可以粘附在肠道粘膜上，通过竞争营养与致病细菌形成竞争。并且有研究表明，通过对芽孢杆菌产生胞外酶的能力进行了分析结果显示，该酶增强营养物质的消化和吸收，提高饲料效率。此外，芽孢杆菌还具有合成维生素，消化酶，氨基酸等物质的能力，它们是虾营养另外一种重要的来源。尽管在这项研究中干粉状和液体状芽孢杆菌的结果显示没有差异。但是不少资料表明，液体状的芽孢杆菌在改善虾的生长性能和成活率方面更具优势。
2、芽孢杆菌具有单独或组合产生对抗病原体的能力。先前的有研究表明，芽孢杆菌对虾消化道中引起疾病的（副溶血弧菌和霍乱弧菌）具有抑制作用。事实证明，芽孢杆菌对斑节对虾、白对虾、罗氏沼虾的哈氏弧菌同样具有抑制作用。因为，在使用芽孢杆菌的研究组中，我们观察到虾具有较高的吞噬指数，免疫活性，抗菌活性，血细胞数量。
3、哈维氏弧菌(V harveyi) 是导致白对虾发病的主要元凶之一，尽管其发病机理尚不明确，但其在有益菌帮助平衡虾肠道菌群下，降低弧菌引起死亡率的效果是显而易见。同时，芽孢杆菌它还有助于减少哈维氏弧菌对肝胰腺的损害。
4、群体效应(Quorumsensing)是哈氏弧菌增加毒素浓度的一种手段。然而，芽孢杆菌菌株具有切断细菌联系，以达到抑制细菌毒性的能力。因此，由芽孢杆菌形成的保护膜可以阻止了哈氏弧菌的毒素浓度的增加，含有藻酸盐的芽孢杆菌对虾具有免疫刺激性。
5、一些芽孢杆菌属可通过硝化或好氧反硝化过程防止有害物质（NH3，NO2 ...）的积累，从而改善水质。
