1901年9月，清政府被迫签订《辛丑条约》，赔偿白银4.5亿两，史称“庚子赔款”。1904年美国表示所得赔款“原属过多”，可用于“退款办学”。经中美双方多次商谈，于1908年确定退款办学相关事宜。美国伊利诺伊大学校长詹姆士1906年给美国总统《备忘录》中的一段话反映了美国退款办学的真实目的：“我们现在一定能够使用最圆满和巧妙的方式，控制中国的发展——这就是说，使用那从知识上与精神上支配中国领袖的方式。”“商业追随精神上的支配，比追随军旗更可靠。”
1909年7月，清政府设立游美学务处，附设游美肄业馆。1911年4月，游美肄业馆改名清华学堂。1911年4月29日，清华学堂在清华园开学。
清华大学校庆日即是以这天为准，考虑到校友能够参加校庆的实际便利，决定以每年四月最后一个周日为校友返校日。今天是清华大学108岁华诞。
1912年10月，清华学堂更名为清华学校，归北京政府外交部管辖，学制8年，分中等、高等两科，高等科学生毕业后一般插入美国大学二、三年级。
1916年清华学校正式提出改办完全大学，1925年设立大学部，同年设立国学研究院，开始向完全的大学过渡。
1928年，清华学校更名为国立清华大学，由教育部、外交部共管。1929年5月，南京国民政府决定，国立清华大学专属教育部管辖。
清华大学历史由来：原来清华大学的建立竟和辛丑条约以及后来的庚子赔款有着紧密的联系。1900年，八国联军侵略中国，由津入京，实际掌握大清皇权的慈禧太后挟着光绪帝狼狈逃亡西安。昔日的皇家禁地北京遭到列强匪徒的洗劫。
劫后余生的大清政府为了安抚列强，被迫签订了《辛丑条约》，这就有了庚子赔款。
