1、品种不同
外三元：三个品种都是国外引进品种，例如长白、大白、杜洛克杂交等。
内三元：三个品种中有一到两个我国的品种，如长白、大白、东北民猪等。
2、标准不同
外三元：母本、第一父本、第二父本均为外来良种猪，杂交生产出三元杂交瘦肉猪。一般是先用长白猪品种的公猪配大白猪品种的母猪，所产二元杂交种中的母猪长大后，再用杜洛克公猪交配，所生后代叫三元杂交种。
内三元：以本地优良母猪为母本，一般先用大约克公猪为第一父本，杂交生产出一代杂种母猪即二元母猪，再用杜洛克或长白公猪等作第二父本与二元母猪杂交，生产出三元杂交猪。
1、亲本品种来源不同
外三元猪的3个亲本都是国外引入品种，最常见的作法是长白公猪和大约克夏母猪杂交产下长大二元母猪，然后再与杜洛克公猪杂交，产下“杜长大”外三元猪。
内三元猪的3个亲本中有1-2个是国内本地品种，通常是杜洛克公猪与带有本土血缘的二元母猪杂交，产下内三元猪。
2、生产效率不同
从生产性能来看，外三元猪具有生长速度更快、瘦肉率更高、料肉比更佳、对环境应激小等优势，但内三元猪在耐粗饲、繁殖性能等方面略胜一筹。比如外三元猪的料肉比，优秀水平能达到2.5左右，但内三元猪的料肉比能达到2.7左右就很不容易了。
整体而言，外三元的生产效率要优于内三元，这也是外三元成为主角，内三元只能当配角的根本原因。
3、肉质口感不同
整体来说，内三元猪的肉质要略好于外三元猪。当然，与土猪相比，内三元猪的肉质还是有所不如。
4、生猪卖价不同
不管生猪行情是高还是低，外三元猪都要比内三元猪受欢迎，所以，一般情况下外三元猪的卖价也要比内三元猪高一点。
5、赚钱能力不同
外三元猪的生产效率、出栏价格都要优于内三元猪，所以其它条件相同的情况下，养殖外三元猪更容易赚钱。
