1. 以科学为基础 所有食品的风险评估均以科学为基础，把更加依赖科学作为指导食品安全标准制定的基本原则，风险分析应建立在最可靠的科学依据之上l酗。转基因食品安全评价应当建立在科学的基础上，研发单位应当提供受体生物、基因操作及转基因生物详细的技术资料。
2.个案分析的原则 个案分析的原则是生物安全评价的基本原则之一。转基因食品的安全性因受体、基因供体、基因操作方法、用途等不同而不同。因此，应当针对具体的转基因食品个案进行风险评估。采用个案分析可以最大限度地发现安全隐患，保障转基因食品的安全。
3. 实质等同性 1993年，OECD最先提出了实质等同性概念。目前，这一概念已经成为判定一个转基因食品与其对照食品在健康和营养特征上相似性的国际公认的标准。实质等同并不是风险评估的终点，而是起点。
只要转基因食品与相应的传统食品实质等同，就认为与其同样安全。但是，那些与相应传统食品并不实质等同的转基因食品也可能是安全的，但上市之前必须经过更广泛的试验和评估。由19个0ECD国家、约60位专家花费两年多的时间共同讨论制定的。实质等同性原 则的含意是:“在评价生物技术产生的新食品和食品成分的安全性时，现有的食品或食品来源生物可以作为比较的基础”。 1996年FAO和WHO的专家咨询会议建议“以实质等同性原则为依据的安全性评价，可以用于评价GM生物衍生的食品和食品成分的安全性”。
关于转基因食品的评价原则，可以从风险及食品安全出发；也可以从其对粮食增产及食物品质及保存期的提高作评价。
从食安角度评估，涉及营养学评价、新表达物质毒理学评价、致敏性评价及长期食用的风险评估。
至于转基因对粮食增产及保质的优点，例子很多，如耐寒保存期较长的蕃茄，轻易炸脆的马铃薯，改良了能够增产的水稻等。
