区别为：基本音程只能由基本音级构成；自然音程即可以由基本音级构成，也可以由变化音级构成，也就是自然音程可以有升降号，基本音程不行。
也就是说自然音程包括基本音程，它们是一个包含与被包含的关系。
基本音程是自然音程。但自然音程不都是基本音程。
我们知道，基本音程针对的是音名分别为CDEFGAB的这七个基本音级之间的音程，不包括带有变音记号的其它音级。说白了就是C大调音阶中do、re、mi、fa、sol、la、si、（do）这些音之间的音程。
而自然音程针对的是任何调中用首调唱名被唱做do、re、mi、fa、sol、la、si、（do）的这些音所对应的音级中，任意两个音之间的音程。不论何种调（例如F调或#F调），其本质是mi与fa之间、si与上方的do之间是半音关系。
基本音程：由七个基本音级构成的音程,是基本音程.俗话说甴键盘的白键子构成的音程是基本音程,有黒键子即变化音级构成的音程不是基本音程.这一点是与自然音程的根本区别.基本音程也是十四种,五十六个.纯一度七个,小二度两个,大二度五个,小三度四个,大三度三个,纯四度六个,增四度一个,减五度一个,纯五度六个,小六度三个,大六度四个,小七度五个,大七度两个,纯八度七个等. 自然音程：是甴自然大小调式的自然音构成的.可能甴两个白键子组成,或由俩个黑键子组成,也可是－白－黑或一黑一白的键子组成.自然音程有四个纯音程,纯一,纯四,纯五,纯八,八个大小音程,大小二度,大小三度,大小六度,大小七度,一个增四度和一个减五度.共十四种.
