华人在印尼的历史已有上千年。
在西方殖民者入侵前，华人与原住民一向和睦相处，对繁荣当地经济做出了重要贡献。荷兰殖民统治后，大批华人到印尼谋生或被掳掠当劳工，他们全面参与了印尼经济从自然经济向市场经济的过渡并发挥了重要作用。20世纪，在印尼出现了华人和原住民两种民族觉醒和双轨的民族运动，在争取民族独立的斗争过程中二者逐渐汇合并轨。印尼独立后，原住民中的“原住民主义”思想抬头，曾出现大规模的经济排华。“新秩序”时期，“原住民主义”思想变本加厉，对华人采取强制、快速和彻底的同化政策，企图通过消灭华人的“一切特性”以实现完全的“原住民化”，导致1998年的“五月骚乱”和“新秩序”政权的垮台。印尼进人民主改革时期之后，对华人的历史地位、作用和贡献才有了比较客观和公正的评价在印尼的华人却有约2000多万，是海外华人最多的国家。印尼华人大多来自中国的南方省份，如福建、海南、广东；客家人最多，约为800万。
早在16世纪末，荷兰人就开始向印尼渗透。 1602年，荷兰组建了臭名昭著的的东印度公司，华人移民印尼大潮最早发生在荷兰殖民的早中期，开始大多是寻找商机的海洋贸易商贩。起初荷兰人由于华人的聪明，勤奋，有能力管理大农场，能为荷兰人带来财富而教受善待。荷兰人在印尼建立了一个社会等级制度，欧洲人位于社会的最高等级、华人和阿拉伯裔是第二等级，土著是社会第三等级。
荷兰人制定的民族分化政策，使得华人很难与当地原住民融合。但在18世纪早期，华人的境况发生了变化。雅加达建设期间 ，大量的华工来到雅加达充当劳工，雅加达城建成之后，并留在附近耕作（中国人是最好的农民，深爱着土地），造成华人数量大增，1740年的时候，华人人口占了荷兰东印度公司统治地区一半。而且当时中国是东亚的贸易甚至世界的贸易中心之一，东印度公司因同清朝贸易获得了大量的利润，而雅加达华商自然而然在印尼同中国的贸易中占据优势，因此中国商人的数量也不断增加，荷兰东印度公司对华人的依赖越来越大。雅加达建成之后，华人在经济上开始占主导地位。华人人数日益增长，经济力量日益强大，成为了荷兰人的对手，为了维护自己的统治，1690年殖民当局严令禁止再从中国引入劳动力，但当地雇主通过向官员行贿的方式继续引入。1740年10月9日(清乾隆5年）荷兰人对华人进行了三天大屠杀，华人约有5000-10000人被杀害。而且殖民当局还在雅加达指定华人的居住区域。虽然遭到歧视和压迫，但是此后还是有大量华人来到印尼群岛。
华人继续在印尼的政治和经济活动中具有重要地位。比如印尼独立运动期间，许多印尼华人支持印尼独立运动。起草1945年印尼宪法的BPUPKI成员有六个是印尼华人。1945年8月17日印尼独立。但独立后的印尼政府对印尼华人采取了限制政策。印尼华人在除了经济和产业外的其他方面全部被禁止，这也使得华人更加专注于这些方面，并且取得巨大的成就。1998年，瓦希德当选总统后，为了缓和民族关系，他很快废除了一些歧视性的法律。比如在1998年颁布总统令重新允许教授中文。印尼华人重新开始进入政治舞台。
从17世纪早期开始至今，华人在印尼已经生活了四百多年，对这块土地做出了巨大的贡献，也曾经被屠杀，被歧视和压制但印尼华人，历经艰难困苦，但依然做出了巨大的成绩，如今印尼华人是印尼最成功的商人群体，拥有大量的财富，估计是印尼私有财富的一半到3/4。
