阿里不哥原来一直驻守在哈拉和林一带，并且特别反对忽必烈的汉化措施。蒙哥去世后，阿里不哥乘长兄忽必烈和次兄旭烈兀不在之时，想要乘机夺取汗位。阿里不哥立马下令让左丞相阿兰答儿去漠北一带征兵用以扩充势力，让脱里赤在河朔一带征集兵力，这件事情传达了忽必烈的耳朵里，他知道阿里不哥想要借此机会谋夺汗位，他知道事情非常紧急，于是率兵往回赶。第二年三月份的时候，忽必烈在内蒙古闪电河北岸召开紧急会议，当时参加的都是重要大臣，一致决定拥立忽必烈位大汗，忽必烈继承汗位，这一年是1260年。四月份的时候，阿里不哥在和林称汗，并率兵从关中出发，讨伐忽必烈。
阿里不哥和忽必烈之争延续了四年之久。期间，阿里不哥因为实力不及忽必烈便降服于他。忽必烈亲征期间，阿里布局再一次揭竿而起，忽必烈决定亲自讨伐阿里不哥，1264年，阿里不哥战败，向忽必烈投降。
忽必烈担心阿里不哥再次叛乱，便囚禁了阿里不哥。有一个说法是，忽必烈担心阿里不再生事端，于是杀掉了阿里不哥的部下和将领。阿里不哥非常愧疚，便携带家人逃到了洪湖一带，决定隐姓埋名。但是，过了不久，阿里布哥就去世了。
后来，阿里不哥于1266年去世，又说阿里不哥遭到忽必烈的毒害而死。
