在《火影忍者》的续作《博人传:火影忍者新时代》中,大蛇丸的结局比较复杂,以下是大蛇丸在该剧情线中的最后命运:
在《博人传》中,大蛇丸已经被改造成了一个机器人,他的大部分身体都是机械化的。在剧情中,大蛇丸一直在寻找一种药物来治愈他的身体,同时也在筹划着一些阴谋。最终,大蛇丸的身体得到了治愈,但是他的精神状态却变得不稳定,甚至失去了记忆。
在剧情的最后,大蛇丸被博人和其他忍者们击败,但是他没有死亡,而是被送到了一个秘密设施中接受治疗。在这个设施中,大蛇丸的记忆被恢复,他重新变回了一个人类的形态。最后,大蛇丸向博人和其他忍者们表示感谢,并承诺自己会为世界的和平而努力。