一、定义不同
主任是指职位名称。机构或部门的主要负责人。如：系主任、班主任、办公室主任(办公厅主任)、计委主任、居民委员会主任(村主任)。
科长，是指一般行使政府给予的职能，属于有责任的部门担任者，在中国国家公务员体系中处于9-13级。根据单位性质的不同，权利和科室的职能差距很大。在企事业单位中，科长属于中层管理干部。
二、分类不同
主任
1、主任医师
主任医师是医生职称的一种，当前是医生职称中的最高级别，属于正高级别。简称为“主任”。一般冠以姓氏，例如：李主任。医院中，需与“科主任”相区分。
科主任，是指医院某科室的行政主任，并非指职称；而主任医师是职称名，其级别相当于医学院校的教授。部分主任医师，同时也被评为“教授”职称，承担一定的科研与教学任务。
2、班主任
班主任是学校中全面负责一个班学生的思想、学习、健康和生活等工作的教师。一个班的组织者、领导者和教育者，也是一个班中全体任课教师教学、教育工作的协调者。
3、主任科员
主任科员是中国公务员职务的一种，属于综合管理类非领导职务序列。主任科员是正科级，属于非领导职务，所以职责略低于科长、乡长、镇长等领导职务的正科级。
科长
1、国务院总理：一级；
2、国务院副总理，国务委员：二至三级；
3、部级正职，省级正职：三至四级；
4、部级副职，省级副职：四至五级；
5、司级正职，厅级正职，巡视员：五至七级；
6、司级副职，厅级副职，助理巡视员：六至八级；
7、处级正职，县级正职，调研员：七至十级；
8、处级副职，县级副职，助理调研员：八至十一级；
9、科级正职，乡级正职，主任科员：九至十二级；
10、科级副职，乡级副职，副主任科员；九至十三级；
11、科员：九至十四级。
三、职责不同
主任职责
1、承办领导层的集体决策和领导个人交办的事项。
2、承办上级部门主办的事项。
3、承办同级各职能部门和下级单位转办的有关事项。
科长职责
1、按照上级要求，建立健全单位职工工资管理系统；
2、按照国家、省政府有关文件精神，及时做好调整职工工资标准、晋升工资级别及档次上报审批工作。
3、根据单位有关文件，做好职务、职称有变动的职工工资调整工作；
