单独用财务比率分析法来分析财务报表，有很多不足之处。
如比率分析方法自身局限性、企业财务报表数据的不完整等因素等，这些因素影响了财务比率分析的准确性，进而影响了分析结果的准确性。
一、比率分析法体系自身的局限性
1、比率分析法缺乏整体性
从结构体系上说，每一个指标只能反映企业某一方面的情况，比率之间缺乏相应的联系，导致比率结构体系缺乏完整性，比如在偿债能力的分析中对流动比率的分析。比如企业流动比率高并不等于说企业有足够的现金去偿还负债，也可能是由于存货的大量积压、应收账款的增多所致，所以需要结合其他的比率分析方法才会更真实。比率分析只有和其他比率一起比较，才能正确的分析某个能力。
2、比率分析法的静态性
比率分析是静态的，它只能在某一时段对自身进行分析，不能反映企业发展的趋势，不能知道企业在同行业中的地位。所以比率分析法要和比较分析法结合，才有有更大的意义。
二、企业财务报表数据的不完整因素
上市公司公布的财务报表在编制标准、编制范围、负责编制人员和编制方法上都会导致财报和实际脱离地方，使得财报使用者据财报分析的结果可能会和实际有所偏差。
1、财报的不完整性体现
企业有许多的经济资源因各种原因的制约未能体现在财务报表中，所以报表信息不能真实完整的反映企业的整体面貌。最简单一个例子，很多企业因为某些支出无法获得票据 ，会计师事务所审计的也只是可能根据有票据业务的来审计，这就会导致某些成本比实际低，利润比实际高。还有其他一些情况如企业在会计政策的运用上存在差异，同一行业的企业对存货会采用不同的计价方法，会导致企业自身的计量基础与其他企业的计量基础所获得的信息不具有可比性。依靠不完整的财务报表，很难获得全面的企业信息。所以，除了看三个基础的财务报表，还要看所有者权益变动表及附注，以了解公司的重大政策的变更、会计计量方法的改变等。
2、财报的人为操作性
很多企业为了获得投资，或者希望企业在上市后可以把企业出售，就会人为的粉饰财务报表，在出具财务报表前把一些不利于企业的地方频繁操作。比如有些采用在财务报表日之前将短期债务偿还了，等到报表日过后再重新借回来的办法，以达到美化企业的方法。这就需要进一步考察企业的实际情况，才能获得准确的信息。
