土壤杀病菌主要有以下几种方法：
（1）高温闷棚法
利用太阳的能量烤棚是一种很好的土壤消毒方法。夏季高温季节，设施栽培换茬之际，将温室大棚密闭，在土壤表面撒上碎稻草（每667平方米用量700～1000千克）和生石灰（每667平方米用量500千克），深翻土壤30厘米，使稻草、石灰、土壤均匀混合，然后起大垄灌大水。并保持水层，盖严棚膜，密闭大棚15～20天。石灰遇水放热，促使稻草腐烂也放热，再加上夏季天气炎热和大棚保温。白天棚内地温可达55～60℃，25厘米深土层全天温度都在50℃左右，半月左右即可起到消毒土壤和除盐的作用。单独利用灌水闷棚或者生石灰闷棚也可以，但效果比这种方法差一些。
（2）土壤施用生物菌有机肥法
每667平方米细致喷洒生物菌（保得土壤生物菌接种剂、或奇多念、或生物多效奇、或酵素菌等）500～1000克（注意！喷洒之后1周内不能喷洒杀菌剂），或土壤施用生物菌发酵的有机肥。通过以上方法施入土壤中的大量有益菌类，可抑制和杀灭土壤中的各种有害微生物，预防土传病害发生。
（3）福尔马林消毒法
土壤耕翻后，每平方米土地用50毫升福尔马林，兑水10～12千克，或每平方米喷洒100倍的福尔马林液0.15千克，然后用塑料薄膜盖严。7～10天后揭膜，并翻土1～2次，使药液挥发，3～5天即可栽培作物。
（4）药土消毒法
每平方米用50%多菌灵可湿性粉剂2克，或50%甲基托布津可湿性粉剂8克、或40%五氯硝基苯8克，兑水2～3千克，掺细土5～6千克，播种时做下垫土和上盖土，可有效防治多种真菌性病害。
（5）喷淋或浇灌法
将96%恶霉灵3000倍药液用喷雾器喷淋于土壤表层，或直接灌溉到土壤中，使药液渗入土壤深层，杀死土中病菌，防治苗期病害，效果显著。
（6）蒸汽热消毒
用蒸汽锅炉加热，通过导管把蒸汽热能送到土壤中，使土壤温度升高，杀死病原菌，以达到防治土传病害的目的。这种消毒方法要求设备比较复杂，只适合经济价值较高的作物，并在苗床上小面积施用。
此外，对于小面积的地块或苗床，也可以将配制好的培养土放在清洁的混凝土地面上、木板上或铁皮上，薄薄平摊，暴晒10～15天，既可杀死大量病原菌和地下害虫，也有很好的消毒效果。
