成分和硬度不同，玛瑙的主要成分是二氧化硅，硬度6.5左右。碧玺的成分为复杂的硅酸盐，其摩氏硬度为7.5比重变化在2.92-93之间，折光率1.6241.644之间。一般情形下，碧玺原料呈长柱状，柱面有纵纹，晶体的横断面呈弧面三角形，原料很易识别。
颜色上区分，玛瑙一般不会像碧玺一样通透
一、“玛瑙”和“碧玺”——元素构成不同
1、“玛瑙”属于石英材质，是在地壳表层内含砂酸的胶体溶液逐渐沉淀而形成的，混有蛋白石和隐晶质石英的纹带状块体，硬度6.5-7度，比重2.65，色彩相当有层次。有半透明或不透明的。原形态三方晶系。
2、“碧玺”又称为电气石，是电气石族里达到珠宝级的一个种类，也是一种极为复杂的硼铝硅酸盐，可能含镁、钠、锂、铬、铜、钾有等元素中的一种或者几种。
二、“玛瑙”和“碧玺”——外观颜色不同
1、“玛瑙”多呈层状，各层之间相互重叠成波纹形，光泽如蜡，呈微透明或不透明状。玛瑙的颜色主要为绿色、紫色、红色、白色、浅蓝色、褐色及黑色等。另外还有一些玛瑙呈现五彩缤纷的效果，多种颜色交织在一起，构成一些别致新颖的花纹。
2、“碧玺”是颜色最为丰富的宝石，颜色多达15种，颜色以无色、玫瑰红色、粉红色、红色、蓝色、绿色、黄色、褐色和黑色为主。其中更以通透光泽的蔚蓝色、鲜玫瑰红色及粉红色加绿色的复色为上品。碧玺由于颜色鲜艳、多变而且透明度又高。
三、“玛瑙”和“碧玺”——通明度不同
1、“玛瑙”有半透明或不透明的，真玛瑙透明度稍有混沌，真玛瑙冬暖夏凉。天然红玛瑙颜色分明，条带十分明显，仔细观察，在红色条带处可见密集排列的细小红色斑点。
2、“碧玺”透明通透程度比“玛瑙”好，以越类似玻璃般通透的价值越高，晶莹无瑕的碧玺价格最高。碧玺晶体内部会含有丰富的汽液包裹体，且往往呈定向分布，形成管状包裹体，在碧玺表面出现一条明显光亮带，而且随着观察角度的不同，亮带也随之变化。
