制作香菇菌种有两种方法
枝条菌种、木屑菌种
枝条菌种制作：
1、浸泡枝条
干枝条倒入池中，干枝条量约占池容积的2／3，然后用木板压盖枝条，上用重物压实，加清水至池满。浸泡约36个小时后检查枝条是否泡透。用锤子把浸泡后的枝条砸开，去掉压覆物后加入少许生石灰搅匀以调节酸碱度，然后用竹筐将枝条捞出，沥水装袋。
2、装袋灭菌
选用15厘米×35厘米的专用聚丙烯菌种袋，每个菌袋内装枝条90－100段。在菌袋外再加套一层菌袋。装满后把菌袋口纵向折叠后再折弯，用橡皮筋或塑料绳扎住，不要扎得太死，以免高温灭菌时袋内空气膨胀导致袋子被胀破。
把菌种袋放到高压锅中保持2个气压高温灭菌约2.5小时，出锅冷却至常温等待接种。
注意：
接种与发菌培养
1、接种前将接种箱内清扫干净，用气雾剂灭菌30分钟后开始接种。接种时应把木屑原种挑成玉米粒大小的块状，但不要太碎，这样可使菌种更易于萌发。接种完毕后把菌种袋移入菌种空架上并排列整齐。
2、春栽菌种在冬季制种，秋栽菌种在盛夏制种。室内温度应保持在24－27℃，要避免忽冷忽热，温差过大会影响菌丝正常生长，造成发菌缓慢。当菌种袋发菌至1／3袋时，要全面检查是否有杂菌，如有应及时拣出处理掉。发菌45天左右菌丝便可走满全袋。
