高山流水往往抒发知音难觅难寻，表达了作词之人渴望有人能够理解自己，同时也赞许了山间美景如画流水肆意流的美感，表达了对大自然的喜爱与赞美。
《流水》充分运用“泛音、滚、拂、绰、注、上、下”等指法，描绘了流水的各种动态，抒发了志在流水，智者乐水之意。
第一段：引子部分。旋律在宽广音域内不断跳跃和变换音区，虚微的移指换音与实音相间，旋律时隐时现。犹见高山之巅，云雾缭绕，飘忽无定。
第二、三段：清澈的泛音，活泼的节奏，犹如“淙淙铮铮，幽间之寒流；清清冷冷，松根之细流。”息心静听，愉悦之情油然而生。第三段是二段的移高八度重复，它省略了二段的尾部。
第四、五段：如歌的旋律，“其韵扬扬悠悠，俨若行云流水。”
第六段：先是跌宕起伏的旋律，大幅度的上、下滑音。接着连续的“猛滚、慢拂”作流水声，并在其上方又奏出一个递升递降的音调，两者巧妙的结合，真似“极腾沸澎湃之观，具蛟龙怒吼之象。息心静听，宛然坐危舟过巫峡，目眩神移，惊心动魄，几疑此身已在群山奔赴，万壑争流之际矣。”（见清刊本《琴学丛书·流水》之后记，1910年）
第七段：在高音区连珠式的泛音群，先降后升，音势大减，恰如“轻舟已过，势就倘佯，时而余波激石，时而旋洑微沤。”（《琴学丛交·流水》后记）
第八段：变化再现了前面如歌的旋律，并加入了新音乐材料。稍快而有力的琴声，音乐充满着热情。段末流水之声复起，令人回味。
第九段：颂歌般的旋律由低向上引发，富于激情。段末再次出现第四段中的种子材料，最后结束在宫音上。八、九两段属古琴曲结构中的“复起”部分。
尾声情越的泛音，使人们沉浸于“洋洋乎，诚古调之希声者乎”之思绪中。
