因为化石埋藏形态有好几种，所以不同形态的化石会有不同的初理方式：
（一）板状化石
板状化石大多属于海相沉积或是湖泊沉积，一般以鱼类及昆虫等化石居多。目前比较有名的产地；如德国的Solnhofen（曾发现始祖鸟、翼手龙）和 Holzmaden（发现鱼龙、蛇颈龙）；美国怀俄明洲（发现种类繁多的鱼类和棕榈树叶）等。
此类型化石在挖掘出土时，都是一片片石板，当石片上检视出有化石时，往往只是该化石的一部分，由于此类型化石在地底时承受极大的压力，所以骨骼部分几乎都被压成扁平状，但是却能保存完整的动物骨骼，甚至皮肤特征也形成印模，有时连足迹也能保留下来（如虾子，马蹄蟹等）所以在清理此类化石时，一般使用山型雕刻机，将附着在化石印模上一层薄薄的岩板刮除，但必须小心注意细微部分，如鱼的鳍，虾子的脚，触须等部位，并把化石整个完整地修饰出来。
（二）结核性化石
动物在死亡被泥沙快速掩埋后，因为压力与温度的关系，使原来动物本身肉体的汁液向四周扩散而与泥砂胶结在一起，待形成化石后其周围的部分会变得较为坚硬（相对于同一层位的岩石），所以当此岩层被挤压上升，露出地表受到风吹雨淋的风化作用时，此化石因周围岩石较硬，不易受风化而保留下来形成类似球状体，称为结核性化石，较常见的如螃蟹、菊石、鱼。
清理结核性化石的困难度相当高，因为其围岩一般而言相当坚硬，而化石本身又相当脆弱，所以首先用振动或雕刻机将大部分围岩清除，待接近化石细微部分时，则改用喷砂机清除剩余的岩石，但不可伤到化石本身，所以要非常地小心，手的稳定度也要够，最重要的还是经验，必须要控制好喷砂侵蚀岩石的速率，一但过头就容易伤到化石。
（三）立体骨架式大型脊椎动物
立体骨架式大型脊椎动物此类化石最难清理，因为其体型较大，且往往取得时只是残缺的片断。再加上受地壳变动的关系，变形、部分毁损（缺手，缺脚，缺尾巴）也相当常见。在动手清理之前，必须对此动物的骨骼结构相当了解，或是要找出相近物种的骨骼图进行比对，并且要记录每一块骨骼在挖掘时的埋藏相同位置。清理此类化石所需的工具种类最多，因在野外挖掘时，为避免伤到化石本身，往往会保留相当多的岩石在骨骼化石上，所以首先要使用较大型的振动工具，将大部分的岩石清除，再来便用中、小型振动式雕刻机将每一块骨骼分离，并将围岩清除，若是较细微的部分，仍需使用喷砂机清除细缝及表面的岩石。
有些化石已露出地表或接近地表很长一段时间，有受到风化侵蚀的现象，造成部分骨骼特别的松软，若遇上这种情形，则需要耗费更多的时间在化石固化上，通常一方面要小心清理围岩（不能伤到骨骼），另一方面要在清理完成部分的骨骼后，上固化剂（即一种特殊药剂，可渗入骨骼深处，使其变坚硬），待所有的骨骼都清理完成后，再按照该动物的正确骨骼位置陈列开来，以确定其缺损或遗失的部分。
所有种类的古生物化石在清理完成后，都必须在其表面刷上透明的化石保护液，因为化石原本埋在地底不见天日，不与空气接触才能保存这么久远，一旦将其清理出来，必须再将其表面保护起来，方能永久保存。
