主要区别是，科目分类不同、形态特征不同、生境分布不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、蚰蜒
蚰蜒俗称“ 钱串子”， “ 千足虫”，是唇足纲、 蚰蜒目、蚰蜒科动物。
2、蜈蚣
蜈蚣，别称天龙、百脚、吴公，是唇足纲、 蜈蚣目、蜈蚣科动物。
二、形态特征不同
1、蚰蜒
呈灰白色，虫体呈节状，约10~15 节，每节有细长足1对，最后一对较长，背部从头至尾有1条线状黑斑，腹部灰白色，头尾各1对触须，两侧有1对黑色眼点，毒颚较大，末端有毒爪，与体内的毒腺相通。
2、蜈蚣
头部有鞭状长触角，口腔由一对大颚和两对小颚构成，一对聚眼。身体长而扁，头部金黄色，背部暗绿色，腹部黄褐色。躯干部分21节，每节有一对足, 第一对足成钩状，有毒腺，蜇人。最后一对向后延伸成尾状。
三、生境分布不同
1、蚰蜒
栖息在房屋内阴湿的地方。捕食小动物。 全国大部分均有分布。
2、蜈蚣
栖息于腐木、石隙中，昼伏夜出。捕食小动物。 主要分布于湖北、浙江、四川的丘陵低山地区
蚰蜒的形态结构与蜈蚣很相似，主要的区别是：蚰蜒的身体较短，步足细长。当蚰蜒的一部分足被捉住的时候，这部分步足就从身体上断落下来，使身体可以逃脱这是蚰蜒逃避敌害的一种适应。 蜈蚣颜色比较暗，腿短，爬行的时候弯弯曲曲的行进，速度不是很快。通常是在地面发现它多些，而蚰蜒多半发现它在墙上游走。蚰蜒也咬人，但不很厉害，蜈蚣比较厉害，尤其大蜈蚣咬上很痛，没有生命危险。 药用价值：蚰蜒又称草鞋虫，性温味辛，破积解毒，治症瘕痞满，痈肿噎膈，口吐涎沫。
