质性研究的指导思想与定量研究的指导思想是不同的。质性研究的本质特点在于其研究方法和理论相对于其研究对象的合适性，重视和分析不同的视角以及把研究者对研究的反思作为认知活动的一个组成部分。
方法和理论对于研究对象的适合性
不同学科都发展了各自的标准方法，这也是为了将自己区别于其他学科——比如说作为心理学核心研究方法实验或者社会学中的问卷调查。质性研究是在研究设计上保持方法的开放性，以便让方法能够切合所研究对象的复杂性。质性研究的目的主要不是验证已知（比如验证之前已经提出的理论），而在于探索新知和发展建立在实证基础之上的理论。质性研究的有效性也是根据研究对象来确定的，而不是——像定量研究——仅仅遵循科学性的抽象标准。衡量质性研究有效性的核心标准包括：通过研究所取得的认知是否建立在实证资料的基础之上，研究方法的选择和使用是否合适研究对象。
参与者的视角及其多维性
质性研究能够揭示参与者（比如患者、家人、专业人员等）看到特定研究问题的不同视角，质性研究所关注的是与研究对象相关联的主观意义和社会意义。它所研究的是参与者的知识和行为。它所分析的是参与者在各自所处的场景中应对某种行为的方式以及他们之间的互动。相关关系是在事件所处的具体情境之中得到描述 并从中得到解释的。质性研究顾及了这一种情况，即对研究对象而言，参与者因其主观视角及社会背景不同，所以他们的看法及其在各自所处社会场景中的行为方式是不同的。
研究者及研究的反思性
与定量研究不同的是，质性研究将研究者与各个场景以及被研究者的交流明确地视为认知活动的组成部分，而不是将其视为需尽可能排除的干扰因素。被研究者和研究者的主观性是质性研究过程中的一个组成部分。研究者自己在场景中的行为和观察，他的印象、困惑、影响和感觉等，以及研究者对此的反思都是研究者在进行诠释时需要考虑的因素， 并将其记录在研究日志或者情境记录当中。
