1.科属不同
牡丹花，是毛茛科、芍药属植物，为多年生落叶灌木。
水仙花，是石蒜科多年生草本植物。
2.形态特征不同
牡丹花，茎高达2米；分枝短而粗。叶通常为二回三出复叶，偶尔近枝顶的叶为3小叶；顶生小叶宽卵形，表面绿色，无毛，背面淡绿色，有时具白粉，侧生小叶狭卵形或长圆状卵形，叶柄长5-11厘米，和叶轴均无毛。花单生枝顶，苞片5，长椭圆形；萼片5，绿色，宽卵形，花瓣5或为重瓣，玫瑰色、红紫色、粉红色至白色，通常变异很大，倒卵形，顶端呈不规则的波状；花药长圆形，长4毫米；花盘革质，杯状，紫红色；心皮5，稀更多，密生柔毛。蓇葖长圆形，密生黄褐色硬毛。花期5月；果期6月。
水仙花，鳞茎卵球形。叶宽线形，扁平，钝头，全缘，粉绿色。花茎几与叶等长；花梗长短不一；花被管细，灰绿色，近三棱形，扩展，白色，芳香；副花冠浅杯状，淡黄色，不皱缩；花柱细长，柱头3裂。蒴果室背开裂。花期春季。花序轴由叶丛抽出，绿色，圆筒形，中空；外表具明显的凹凸棱形，表皮具蜡粉；花白色，芳香；花期1-2月。
3.分布范围不同
牡丹花广泛分布于我国，栽培面积最大最集中的有菏泽、洛阳、北京、临夏、彭州、铜陵县等。
水仙花分布于东亚以及中国大陆的浙江、福建沿海岛屿等地，其中又以漳州最为集中，已由人工引种栽培。
