柯南会变小是因为他看到了黑暗组织的交易，结果被发现了并且被注射了让身体变小的药物，醒来之后柯南的身高和长相都变成了一个七岁的小孩子，柯南怕自己的身份被发现会让身边的人受伤，所以就隐姓埋名住在了毛利兰的家里。
一、因为追查黑衣人
在第一集云霄飞车当中，柯南其实就已经从新一的身份，转变到柯南小学生的身份了。在这一集当中，他是因为追查黑衣人的情况，所以才偶然变成了小学生。因为他被黑衣人呆了变小的药丸，所以他就直接变成了小学生，而且迄今为止，他都没有找到真正能够变回工藤新一的办法。在名侦探柯南这部动漫当中，他一直都是以小学生的身份出现，然后帮助毛利小五郎去解决案件。
二、吃了变小的药丸
在它变成小学生之后，他其实是还没有给自己找好姓名是什么，是因为他在博士家里面的时候，毛利兰突然来到他家，然后他被逼到书柜的位置，正好旁边有一本书是江户川柯南，然后她就灵机一动，告诉毛利兰自己叫做柯南。在动漫当中，同样吃了变小药丸的其实不仅仅是工藤新一，还有灰原哀，他也吃了变小药丸，但是他们到现在为止还没有找到能够变回去的办法，所以只能够暂时以小学生的身份进行调查。
三、能够短暂的变回新一
在动漫当中，虽然他是没有办法真正变回新一，但是他其实是可以短暂的变成新一，也就是说在动漫当中是有一种药可以让他们变回成年人的身份，但是可能只能够维持半个小时或者再久一点。而且他们吃了这种药丸的话，是会有副作用的。柯南在剧场版当中是有吃过好几次这种药丸，而且也有成功变回工藤新一的身份，但只能维持一段时间。
