国家一级保护树种有金丝猴、梅花鹿、豹、林麝、秦岭羚牛、白鹳、中华秋沙鸭、金雕、白肩雕、黑鹳、胡兀鹫、白尾海雕、中华秋沙鸭、穿山甲、豺、金猫、大灵猫、小灵猫、海南鳽、白冠长尾雉、东方白鹳、秃鹫等。
国家一级保护植物有珙桐、光叶珙桐、红豆杉、南方红豆杉、伯乐树、水杉、银杏、苏铁等。
国家一级保护树有：桫椤、银杉、珙桐、金花茶、玉龙蕨、中华水韭、秃杉、望天树、曲茎石斛、崖柏等。
桫椤：桫椤茎干高达6米或更高，直径10-20厘米，上部有残存的叶柄，向下密被交织的不定根。叶螺旋状排列于茎顶端；茎段端和拳卷叶以及叶柄的基部密被鳞片和糠秕状鳞毛，鳞片暗棕色，有光泽，狭披针形，先端呈褐棕色刚毛状，两侧有窄而色淡的啮齿状薄边；叶柄长30-50厘米，通常棕色或上面较淡，连同叶轴和羽轴有刺状突起，背面两侧各有一条不连续的皮孔线，向上延至叶轴。
银杉：裸子植物，松科，是一种高十至二十几米的常绿乔木。胸径40厘米以上。树皮暗灰色，老时则裂成不规则的薄片。大枝平展，小枝节间的上端生长缓慢、较粗，或少数侧生小枝因顶芽死亡而成距状。一年生枝黄褐色，密被灰黄色短柔毛，逐渐脱落。二年生枝呈深黄色。叶枕近条形，稍隆起，顶端具近圆形、圆形或近四方状的叶痕，其色较淡。
珙桐：珙桐喜欢生长在海拔1500-2200米的润湿的常绿阔叶落叶阔叶混交林中。多生于空气阴湿处，喜中性或微酸性腐殖质深厚的土壤，在干燥多风、日光直射之处生长不良，不耐瘠薄，不耐干旱。幼苗生长缓慢，喜阴湿，成年树趋于喜光。
金花茶：灌木，高2～3米，嫩枝无毛。叶革质，长圆形或披针形，或倒披针形，长11～16厘米，宽2.5～4.5厘米。先端尾状渐尖，基部楔形，上面深绿色，发亮，无毛，下面浅绿色，无毛，有黑腺点，中脉及侧脉7对，在上面陷下，在下面突起，边缘有细锯齿，齿刻相隔1～2毫米，叶柄长7～11毫米，无毛。
玉龙蕨：分布于中国西藏东北波密；云南西北部丽江、中甸；四川西南部木里、稻城。在海拔4000-4500米的高山冻荒漠带，由于强烈的寒冻和物理风化作用，地形多为裸岩、峭壁和碎石构成流石滩，即高山冰川下延的地段。高山热量不足、辐射强烈、风力强劲、昼夜温差大、气候严寒恶劣；流石滩常处在冰雪覆盖和冰冻状态，仅有短暂的暖季（7-8月），当地表解冻消融后，在碎石和隙间零星散生的玉龙蕨才成长。
中华水韭：主要生长在浅水池塘边和山沟淤泥土上。分布区属亚热带，气候温和湿润，春夏多雨，冬季晴朗较寒冷，1月平均气温为2-7℃，7月平均气温为27-29℃，1000-1500毫米。主要生长在浅水池沼，塘边和山沟淤泥土上；土壤有机质含量丰富，pH值6-6.5。主要伴生植物有节节草、糯米团、莲子草、水蓑衣及鳢肠等。
秃杉：球果圆柱形或长椭圆形，长1.5-2.2厘米，径约1厘米，熟时褐色；种鳞21-39枚，中部种鳞最大，宽倒三角形，长约7毫米，宽约8毫米，边缘近膜质，先端中央有突起的尖头，鳞背露出部分有气孔线，背面尖头下方的腺点常明显或不明显；种子长椭圆形或倒卵形，两侧边缘具翅，种子连翅长4-7毫米，宽3-4毫米。球果10-11月成熟。
望天树：生于沟谷、坡地、丘陵及石灰山密林中，海拔300-1100米，在湿润沟谷、坡脚台地上，组成单优种的季节性雨林。望天树的所在地，大部分为原始沟谷雨林及山地雨林。
曲茎石斛：曲茎石斛茎圆柱形，稍回折状弯曲，长6-11厘米，粗2-3毫米，不分枝，具数节，节间长1-1.5厘米，干后淡棕黄色。叶2-4枚，二列，互生于茎的上部，近革质，长圆状披针形，长约3厘米，宽7-10毫米，先端钝并且稍钩转，基部下延为抱茎的鞘。
崖柏：灌木或乔木；枝条密，开展，生鳞叶的小枝扁。叶鳞形，生于小枝中央之叶斜方状倒卵形，有隆起的纵脊，有的纵脊有条形凹槽，长1.5-3毫米，宽1.2-1.5毫米，先端钝，下方无腺点，侧面之叶船形，宽披针形，较中央之叶稍短，宽0.8-1毫米，先端钝，尖头内弯，两面均为绿色，无白粉。
