农业双层经营体制是指以家庭联产承包经营为基础，统分结合的双层经营体制。
农业双层经营体制的基本特征是：在坚持土地等基本生产资料集体所有的前提下，把土地承包给农户，实行分户经营，自负盈亏。这就形成了集体统一经营和家庭分散经营相结合的双层经营体制，家庭联产承包责任制是双层经营体制的基础。
双层经营体制是在农村改革过程中形成的一种新的经营体制，它是对农村人民公社经营体制的根本否定。这种经营体制在家庭联产承包责任制的基础上，保持了集体经济的优越性，同时调动了农民的生产积极性，促进了农业生产的发展。
随着我国城乡经济社会格局的变化，尤其是农地三权分置改革之后，农村双层经营体制的内涵有了新的拓展：
一是“农户分散经营”的经营方式出现了衍生形态，现阶段的“农户分散经营”是一种以土地经营权为依托、以土地配置效率提高为导向的“权利”经营方式，即农户可以选择自己经营承包的土地，也可以选择保留承包权、出让经营权；
二是“农户分散经营”的不同方式存在着共存共生关系，双层经营体制既延续了此前的“集体统一经营—农户分散经营”的制度框架，又派生出农户经营新形态即小农户与新型经营主体并存；
三是“集体统一经营”的实现机制出现了重要转化，集体统一经营中的“集体”主要指“村两委”等行政组织，但也包括农民合作社等经济组织，“经营”则从土地发包延伸至土地利用监督、产业融合转型、公共产品供给等领域；
四是农村不同主体之间的经济关系和利益结构出现了多元化，不同主体的经济关系突破了“集体—农户”的简单格局，并逐步转向集体组织、土地承包者、土地实际使用者之间的利益结构。
