阿笠博士和灰原联手发明了一种新的解药,柯南服用之后,可以还原为工藤新一,但柯南不会消失,同时继续存在。柯南变回了新一,与小兰的结局相当完美。但因为这部动漫的针对人群并不单单只是孩子,其中也有一些悲剧的成分存在。
阿笠博士最后为了柯南牺牲了,而且毛利小五郎早已知道柯南的身份,最初是为了方便调查才配合扮演“沉睡的小五郎”。而真正的大BOSS竟然就是他——铃木次郎吉,铃木圆子的堂叔,铃木财团的真正幕后老板。
整个黑衣组织的幕后操控者就是铃木财团,铃木财团的成长史就是一部黑暗史,他们利用黑衣组织党同伐异,最终的目标是控制整个国家,铃木财团总裁铃木史郎只是个傀儡,真正的控制者是超级野心家铃木次郎吉。
柯南目前还没有大结局,一直在持续更新中目前更新至1055集。