南京工业大学和南京林业大学（南京林业大学为什么有二个校区）

看你学什么专业了。工业大学化工方向的专业很牛，学校有化工方向的国家重点实验室和两院院士。林业大学肯定是农学，林学方面的专业比较强。个人建议选择工业大学，貌似比林大要知名度高点。