为什么教材中有si第二声的音节（si在拼音本上的正确写法）

不知道你用的是什么教材，新版的小学语文统编教材中没有出现si的第二声。

作为一个整体认读音节，si是可以标注四声的，分别是sī sí sǐ sì。只不过有些音节在《新华字典》中找不到对应的汉字，比如si的第二声，re的第一声等等，所以，审核严格的一年级教材，就不会出现这类音节。