1993年，巩俐首次与陈凯歌导演合作，主演同性爱情伦理电影《霸王别姬》，
影片获得第46届戛纳国际电影节金棕榈奖和英国电影学院奖最佳外语片奖并提名奥斯卡金像奖最佳外语片等奖。凭借角色菊仙，一个为爱牺牲的青楼妓女，巩俐获得纽约影评人协会奖最佳女配角奖，并在2004年上榜美国《首映》杂志影史百大伟大表演榜单；同年她还与周星驰合作了无厘头电影《唐伯虎点秋香》，该片获得香港1993年年度电影票房榜第一名，巩俐在片中饰演美丽端庄的秋香。1994年，巩俐与张艺谋合作剧情片《活着》，巩俐在片中饰演知书达理的母亲，该片获得第47届戛纳国际电影节评委会大奖等奖，巩俐凭借此片表演提名美国Chlotrudis电影奖最佳女主角。同年，在第四代女导演黄蜀芹的电影《画魂》中饰演中国女画家潘玉良，影片入选戛纳国际电影节展映。
1995年，巩俐主演其与张艺谋长达八年恋情的分手之作《摇啊摇，摇到外婆桥》，她在片中扮演上海滩歌舞厅的台柱小金柱，一位妖艳妩媚的“歌舞皇后”并演唱了全片所有曲目，本片获得戛纳国际电影节技术大奖及美国金球奖最佳摄影、美国国家影评人协会奖最佳外语片奖等奖项，并提名了金球奖最佳外语片，巩俐应邀出席了当届的金球奖颁奖典礼。
