电视剧《小鱼儿与花无缺》结局除了小鱼儿和花无缺，以及花无缺的孩子以外，其他人都死了。小鱼儿与江玉燕决战时身受重伤，花无缺赶来杀死了江玉燕，小鱼儿昏迷六年后终于苏醒，兄弟二人拥抱一团。
黑化后的江玉燕不仅杀死了自己的父亲和姐姐，还杀害了铁心兰，她以为铁心兰死后，花无缺就会爱上自己，可没想花无缺在最后关头，亲口对她说自己的心和自己爱的人都已经死了。
小鱼儿和花无缺抽签决定谁去找江玉燕决斗，小鱼儿不想花无缺冒险，所以偷偷的让他喝下了麻沸散。苏樱和小鱼儿一起去寻找毒花研制毒药，过程中不慎中剧毒身亡。
小鱼儿与江玉燕决斗时，花无缺及时赶到，花无缺亲手杀死了江玉燕，而小鱼儿被江玉燕打成重伤，昏迷了六年。花无缺每天都会陪着他说话，希望他早日康复，这份诚心最终感动了老天爷，小鱼儿苏醒过来，兄弟二人抱作一团。
在大结局时，剧中所有人都死了，只剩下小鱼儿和花无缺跟花无缺的儿子一起生活，当年小鱼儿为了杀死江玉燕，服下了毒王圣水，最终与花无缺联手打倒了她，而小鱼儿因为中了毒，成为了植物人，在药缸里浸泡多年以后，终于醒了过来，两兄弟紧紧的抱在了一起，此时花无缺的儿子也已经长成了半大的小子，他也与他们两兄弟一起生活
