结局说的是,SEELE成功实行了“人类补完计划”,第三次冲击被发动,人类全灭,所有灵魂都回归莉莉丝之卵“黑月”。
但在此之后,因为真嗣对莉莉丝说,相对于灵魂大融合后那个“没有互相伤害的世界”,他更喜欢“存在互相伤害但也存在欢乐的更真实的世界”,于是莉莉丝就自毁了,黑月也炸了,里面的灵魂被重新释放了出来。与此同时,灵魂寄宿于初号机里面的真嗣老妈碇唯,控制初号机进行神化,利用EVA量产型的朗基罗斯枪重新赋予了人类“生命”。(朗基罗斯枪是“生命之树”的树枝,其中蕴含着极强大的“生命力”)
所以,虽然旧剧场版最后只看到了真嗣掐着明日香脖子,但人类并没有灭绝。