最后剩下的只有两个人，一个是真治，他拒绝了与别人的补完，选择宁可心灵上有缺陷，有孤独和痛苦，却仍然保持独立个体。另一个是明日香，她在2号机里感受到了母亲的灵魂，懂得a.t.field的意义，也保住了自己灵魂的独立。（两个被母亲保护的小孩啊～～）
??两个人离开eva回到现实世界时，其他人都已经被补完（失去肉体，灵魂结合在一起，也就是死了嘛～～～～～）。其实这与真治本来的想法是不符合的，他所希望的是回到原来生活的环境，有朋友、有同学，还有一个不怎么爱他，但是他仍然很看重的老爸，一个他不怎么喜欢，但是可以慢慢习惯和改变的世界。现在的世界却一无所有，只有那个一直骂他“baga”的明日香，所以他感到很绝望。
??明日香在重新找回自我之后，已经能肯定自己的存在，她不再需要依靠别人的肯定来补完自己，所以她变得冷漠，对真治只剩下可怜。
??真治比以前更讨厌这个世界，也讨厌代表了未来的明日香（因为她可以毫不在乎的活下去），真治掐住明日香的脖子表达的正是他对外界和他人的仇恨。这是真治一直以来的想法，“others are hell”，他觉得别人不喜欢他，所以他也讨厌其他人。他好像到最后都没有改变。真治已经有一次觉得无法忍受明日香对他的批评，说出了他的内心感受，因此想杀死她，现在面对更无情的明日香，又想杀她也很正常。
??我觉得这个结尾很自然，两个孩子在经历了死亡以后，如果还能正常才叫奇怪。我也觉得他们两个不会喜欢对方。
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??找到了些比较详细的评论如下
??真治被作为补完对象，与EVA，朗基亚斯之枪形成了生命之树，意识极度形而下化（意
??识形而下化，可以简单地理解为，想什么既是做什么），于是他便开始想象，更准确地说应该是做梦，梦见自己和明日香在美里家中的客厅里，急切地向明日香求助，明日香却拒绝了真治，指责他逃避与他人间的的交往，一把将真治推倒在地上。真治慢慢地爬起，歇斯底里地叫喊着：“谁能救我，不要留下我一人！不要杀我！”掀掉桌子，沉默片刻之后，举起双手，紧紧卡住明日香的脖子。见她举离地面，久久地不松手（这个动作似曾相识，但第一次见到时，乃初号机所为）。
??此时，画面凝固了，出现的是真治混乱的意识和与丽的对话，然后是无言。于是，人类的融合开始了。关于这段画面，很多人不解其为什么要卡明日香，其实这种举动，只不过是真治反人类，反社会倾向的一种体现。明日香在这里也不再是明日香，而成为真治心中THE OTHER的代表。不是说过吗，伤害他人，会比伤害自己更知道自己心中的痛，明日香虽然表面上一直骂真治，但实为真治最亲近的人。真治由于对自己的痛恨，拒绝一切外界对他的关爱。于是就通过卡明日香来达到伤害自己内心，发泄对人类的仇恨的目的。
??我个人认为,真治卡明日香的镜头，是整部EVA中最经典的镜头之一，是具“分水岭”意义的“壮举”。从那时起，真治便下定决心，“全灭”人类。他自我厌恶，痛恨人类的情绪达到了极致， 爆发了出来，但是在最后，真治放弃了，开始试着接受别人的爱，不知你是否注意过，电影片最后，真治在卡明日香时，明日香反而去抚摸真治的脸，真治便松开了双手。这点，他和他父亲是一样的。对他们来说，“爱是一种伤害”(剧场版的副标题)。
