一、持续高效。
基质栽培式鱼菜共生系统始终处于运转过程中，生产过程不会中断，所以系统会源源不断地生产鱼和蔬菜。同时，兼有生态饮食服务，科普宣传活动，与大学联合研究等，是一种高效的生产模式。
二、天然有机。
鱼菜共生的系统内严禁使用任何药物。如果在鱼池部分使用渔药会危及蔬菜部分的生长；如果在蔬菜种植部分使用农药，会立刻导致鱼的死亡。鱼菜共生系统中也严禁添加对鱼有毒害的化肥。
同时，由于鱼粪具备蔬菜所需要的全面营养元素，蔬菜对病虫害的抗性强，蔬菜根部的根际微生物分泌的植物抗生素对鱼的健康也非常有利。因此养鱼和种菜部分均无需使用药品。鱼菜共生的蔬菜种植部分天然具备有机蔬菜生产属性。
三、高质量出品。
鱼菜共生系统的鱼养殖在清澈见底的水体中，鱼苗进场时只要通过良好检疫，整个生长周期无需使用任何渔药。出品的鱼产品洁净无污染。鱼吃起来没有任何泥腥味，鱼肉鲜美紧致。蔬菜因为吸收营养全面，口感甘甜，有菜味，鲜嫩爽口。
四、无连作障碍。
鱼菜共生系统没有传统土壤栽培的休耕、轮作，也没有连作障碍。传统土壤栽培连作时会进行土壤消毒，必然给下轮栽培带来药害。
基质栽培式鱼菜共生系统有着这么多的优点，但是在中国却并没有出现大规模的应用，这是因为基质栽培式鱼菜共生系统本身也存在着一些缺点，正是这些缺点阻碍了鱼菜共生系统的大范围推广与应用
