T1和T2航站楼的航班也不同。T1航站楼有:春秋、全日空、日本航空、韩亚航空、大韩航空、长荣航空、东航(国际航班)、上航(国际航班)。T2航站楼有:东方航空、上海航空、中国国际航空、中国南方航空、厦门航空、深圳航空、山东航空、海南航空、天津航空、四川航空、吉祥航空、中国联合航空。
也就是说,T1航站楼有国际航线和国内航线,而T2航站楼基本上只有国内航线,而需要注意的是,这两个航站楼之间竟然不互通,所以你在上海虹桥国际机场值机的时候一定要分清楚在哪个航站楼,否则你一旦搞错,再想着换航站楼就很有可能会误机。