内部审计机构的组织方式一般有三种：独立审计机构、审计部门和审计委员会。
独立审计机构是一个单独的审计组织，具有一定的自主权，独立完成内部审计任务，可以更加有效地保持独立性。
审计部门则是在公司内部设立审计岗位，由专门审计人员组成，负责开展内部审计工作。
审计委员会是在公司领导层中设立的专门审核委员会，由公司高层管理人员组成，通过对公司内部审计工作进行监督和审核来保障其工作的合规性和独立性。
不同的公司可以根据其规模和需求选择不同的内部审计组织方式，以确保其内部审计工作的高效、详实和客观。
主要有以下两种方式：
(一)分级管理方式
所谓分级管理方式，是指按照部门、单位的组织级次设置审计机构，一级组织相应设置一级审计机构;部门、单位本级的审计机构对下属各内部审计机构进行统一指导，下属审计机构独立行使职权。分级管理的方式可使内部审计人员熟悉各自单位的环境和情况，使审计有较强的针对性和及时性;但也会使内部审计机构过于庞大，内部审计人员会受到所在单位负责人的一定约束，独立性程度相对较差。
(二)集中管理方式
所谓集中管理方式，是指只在本部门、本单位最高层次设置内部审计机构，在下属基层不专门设置内部审计机构，由专门派出的审计人员对下属单位进行审计。在这种设置方式下，派出人员对下属单位具有较高的权威，其独立性程度也较高。但要求加强审计的计划性，在了解下属单位的实际情况之后，再开展工作。
