清洗金刚子，要准备的工具有钢丝刷、硬毛刷、针、小钻头、盆子、干布和水。钢丝刷的作用是把金刚子上干硬的果肉刮掉。
1、首先打一盆清水，别放其他洗涤剂等化学制剂，只是清水。将要清洗的金刚子放到水盆里，有绳子的可以先不要拆掉，整串放进去，浸泡几个小时。
2、浸泡之后，将金刚子拿出来。如果是一串的，可以将一头拴在固定物上，用手拽好另一头拉平，用钢丝刷垂直地平刷，不要来回用力刷，要一个方向的扫过去。
3、刷完后扔回水里搅一下，将刷下来的果肉洗掉。如果没刷干净就换盆水再泡一段时间，重复上面的步骤二。注意，如果泡的时间非常长了，尽量用钢丝刷谨慎地刷，以防将金刚子刷坏。
4、将金刚子的果肉清理干净之后，把串绳剪断，金刚子全放到水里，颜色较暗的留下，很黄的就可能是糠籽，可以扔了。（这个步骤也可以跳至最开始来做，散的金刚子直接扔水里，沉下去的留着，浮起来的淘汰。）
5、将挑出的金刚子放在干布上轻揉，吸干表面的水。
6、把初步清理好的金刚子放到一个容器中阴干。有些人喜欢刷油，这里只介绍不刷油的方法。如果要扩孔，可以在金刚子未完全干透前用小钻头扩孔。（注意：未干的金刚子不要吹风，远离热源，以防开裂。）
7、经过以上步骤，如果金刚子里还是有果肉夹塞，可以用针仔细剔出来，小心别刮伤金刚子表面。
